Les fruits (petites baies de 0,5 à 0,8 cm) sont toxiques pour l'Homme (toxine non identifiée). L'ingestion de 12 baies suffit à provoquer des troubles digestifs (irritation gastrique), des vomissements et une diarrhée. Des ouvrages anciens ont signalé un décès.
La gastro-entérite résultant de l'ingestion peut persister 48 à 72 heures.
La littérature cite un cas de moutons mortellement empoisonnés après avoir mangé des branches coupées provenant d'une espèce de troène apparentée (Ligustrum ovalifolium) plantée dans une haie.
Les baies persistent tout ou partie de l'hiver, voire jusqu'à l'été suivant pour certains fruits déshydratés qui ne tombent qu'après ce délai.
Le pollen est allergisant chez certaines personnes. Mais il est lourd et tombe souvent sur les feuilles sous-jacentes ou au sol, quand il n'a pas été récolté par les insectes. Les syrphes apprécient particulièrement le pollen ou le nectar du troène.