La trypsine se retrouve chez la plupart des animaux. cette enzyme est très utilisée pour des approches de recherche en protéomique, spécialement pour la caractérisation et séquençage de protéines.
Elle est également utilisée en spectrométrie de masse particulièrement en protéomique ainsi qu'en imagerie.
La trypsine est utilisée en culture cellulaire pour détacher les cellules cultivées en flasque de culture (car les cellules sont très étalées dans la flasque). L'action de la trypsine est inhibée par un ajout de sérum de veau fœtal ; les cellules se retrouvent alors en solution. Ce traitement est quotidiennement utilisé en biologie cellulaire pour amplifier les cultures cellulaires (en passant à une flasque de culture plus grande ou en multipliant les flasques) ou pour compter les cellules via un compteur de cellules (FACS, pour "Fluorescence-activated cell sorting").
La trypsine est également utilisée en immuno-hématologie pour la recherche des anticorps irréguliers ou encore lors de l'établissement d'un caryotype : elle permet, en collaboration avec le Giesma, l'apparition de bandes G sur l'ADN et donc l'identification précise des chromosomes. Une anomalie chromosomique peut être ainsi détectée.