En 1991 l’université a été rétablie comme Université européenne Viadrina. Elle comprend actuellement trois facultés : Économie et Affaires; Droit; Culture. Un de ses premiers buts est d’attirer des étudiants de toute l’Europe afin de constituer un corps étudiant multinational. Actuellement environ 40 pour cent d’entre eux sont des étrangers (surtout des Polonais), proportion tout à fait remarquable si on la compare avec les autres universités allemandes.
L’Université européenne Viadrina travaille en coopération étroite avec l’Université Adam Mickiewicz de Poznań en Pologne. Les deux Universités s’occupent ensemble de faire fonctionner le Collegium Polonicum, placé juste en face de la Viadrina sur le côté polonais de l’Oder (commune de Slubice).
Parmi les établissements de recherche à l’Université Viadrina on notera le Frankfurt Institute of Transformational