L'épave reconstituée du Boeing est aujourd'hui conservée dans un bâtiment du NTSB construit à cet effet, à Ashburn, en Virginie. Elle est utilisée pour la formation des enquêteurs intervenant sur les accidents d'avion.
Certaines personnes pensent même que l'épave repêchée n'est pas celle du vol TWA 800 car le nombre de hublots du pont supérieur n'est pas le même que sur les photos de l'avion avant le crash.