Le zooplancton (du grec zoo ou « animal ») est un plancton animal. Il se nourrit de matière vivante, certaines espèces étant herbivores et d’autres carnivores.
Il remonte la nuit vers la surface pour se nourrir de phytoplancton et redescend pendant la journée vers les eaux plus profondes. Il échappe ainsi aux prédateurs et économise de l’énergie car la température est moins élevée.
Ce mouvement du zooplancton dit de migration verticale quotidienne) suit un rythme nycthéméral commandé par la lumière du soleil (En eaux douces, la plupart des espèce zooplanctoniques sont plus actives les deux heures suivant le coucher du soleil, et deux heures avant l'aube. Il en va de même pour la plupart de leurs prédateurs. De nombreuses espèces zooplanctoniques peuvent elles-mêmes émettre de la lumière (bioluminescence), en profondeur ou en surface lorsque la mer est agitée.
Le zooplancton contribue à la production de Tripton (aussi appelé « pseudoplancton ») qui rassemble tous les éléments supposés morts (nécromasse) ou d'origine minérale ou organique (excrétats, excréments, gamètes mortes, particules issues du plancton mort ou vivant...). Le tripton sédimente en grande partie, contribuant ainsi au cycle biogéochimique et à la fonction "puits de carbone" des océans. Il est par exemple à l'origine de la craie, roche très riche en carbone (sous forme de Ca CO3).
On distingue des espèces de zooplancton d'eaux chaudes et d'eaux froides. Les premières sont très nombreuses et diversifiées, mais présentes en faible biomasse, alors que les espèces d'eaux froides ont une diversité spécifique moindre, mais peuvent former des populations très denses, probablement parce que l'oxygène, l'un des facteurs limitant de ces espèces qui sont toutes aérobies, est beaucoup mieux dissous et disponible dans l'eau froide).
Dans les zones plus fraiches de la zone tempérée on observe depuis 50 ans un net changement dans la répartition des planctons d'eaux chaudes et froides, les premières proliférant au détriment des secondes.
Il semble exister une relation à double sens entre climat et zooplancton ;
1) Le zooplancton régule (par sa prédation) le phytoplancton qui absorbe le CO2 de l'atmosphère dissous dans la mer, jouant ainsi un rôle important dans le cycle du carbone et les cycles climatiques. S'il disparait en zone eutrophe, la pullulation des algues microscopique entraine leur mort par défaut d'oxygène, et l'apparition de zone anoxiques (ou zones marines mortes), qui semblent en forte augmentation depuis la fin du XXème siècle. La décomposition de la nécromasse y entraine alors l'émission de méthane et de CO2 qui peuvent contribuer à réchauffer le climat, ce qui - en un cercle vicieux - accroit le risque d'apparition de zones mortes, etc.
2) La température moyenne des mers et plus encore des zones polaires affecte directement le zooplancton et les écosystèmes qui en dépendent ;