Le seul traitement reste de suivre un régime excluant toute source de gluten dans l'alimentation.
Le régime sans gluten doit être préconisé à vie (il n'y a pas de régression de la maladie), en particulier chez l'adulte, car il prévient en partie le risque de la survenue de lymphome (cancer sanguin) et de complications osseuses.
Le gluten se trouve essentiellement dans les farines. Le patient peut utiliser des produits estampillés « sans gluten ». Il n'est pas restreint au niveau fruits et légumes ainsi que pour la viande, les poissons, les laitages (bien évidemment, la préparation de ces produits doit exclure le gluten).
Il faut contrôler l'efficacité du régime et le bon suivi par l'observation de l'amélioration clinique et biologique après un à trois mois de régime, par la régression des anomalies à la biopsie (atrophie villositaire) et la négativation des anticorps spécifiques après un an de régime.
Il faut aussi surveiller la disparition des symptômes qui avaient orienté le diagnostic (problèmes osseux…). Des compléments vitaminiques peuvent être prescrits quand l'état de santé du patient le demande.
Des traitements, à base d'absorption d'enzymes permettant de dégrader le gluten, et donc, théoriquement d'éviter le régime, sont en cours de développement.
Exceptionnellement, la réintroduction de gluten dans l'alimentation après un régime prolongé a pu être faite sans problème. Cette attitude n'est cependant pas communément proposée.