Dans le cadre du courant œcuménique, l'abbaye de Niederaltaich héberge aujourd'hui deux traditions (ou « rites ») de la foi chrétienne : une partie des moines vit et prie selon le rite romain, l'autre selon le rite byzantin. Les Bénédictins se virent en effet confier sous le pontificat du pape Pie XI (1924) la tâche de faire connaître la théologie et la foi des chrétiens orientaux en occident : dans ce but, la « liturgie divine » (eucharistie) et les services sont célébrés en allemand, les textes liturgiques ayant été traduits du slavon et du grec. En 1986, on édifia pour la célébration du rite byzantin une église et une chapelle, toutes deux consacrées à l'évêque saint Nicolas de Myre, à l'emplacement de l'ancienne brasserie du monastère. L'autel est séparé de la nef de l'église par un iconostase. L'aménagement du reste de l'église et de la chapelle rappelle également, avec ses icones, les églises de Russie et de Grèce.