L'astéroïde (29227) Wegener a été nommé en son honneur, ainsi que la péninsule près de laquelle il est mort au Groenland (Péninsule Wegener près d'Ummannaq, 71°15 lat. Nord, 52° Long. Ouest).
Sa fille Charlotte s'est mariée avec l'explorateur et alpiniste Heinrich Harrer en 1938. Ils eurent un fils.