Ces anastomoses ne sont plus ou très rarement pratiquées. Leur confection est mal-aisée en l’absence de circulation extra-corporelle. Elles sont difficiles à calibrer, avec un débit souvent excessif, et peuvent devenir un cauchemar pour le chirurgien devant les démonter au cours de l’intervention définitive (ceci étant particulier vrai pour l’anastomose de Potts).
L’anastomose « qui ne débite pas suffisamment » est plus en rapport avec une petite taille des artères natives (en particulier pulmonaires) que du tube utilisé. L’enfant reste alors trop cyanosé et il existe un risque d'occlusion du tube par la formation d'un caillot (thrombus), nécessitant de créer une nouvelle anastomose. On peut essayer de prévenir cette thrombose par l’administration d’aspirine à faible dose, à visée anti-aggrégante plaquettaire. Il semble cependant que la création d’une anastomose puisse souvent aider au développement des artères pulmonaires par l’augmentation de flux sanguin qu’elle entraîne. Il arrive donc qu’une anastomose qui, initialement, ne débite pas suffisamment, voie son fonctionnement s’améliorer au cours du temps.
L’anastomose « qui débite trop » constitue un défaut plus rare. La symptomatologie et les conséquences sont celles d’un canal artériel à gros débit, parfois aggravées par une susceptibilité particulière de l’arbre artériel pulmonaire malformé.
L’anastomose « qui devient insuffisante » est le sort de toute anastomose faite tôt dans la vie puisque, bien sûr, le diamètre du tube ne suit pas la croissance de l’enfant.
L’infection, improprement appelée “endocardite” (il s’agit en fait d’une endartérite), est favorisée par la présence de matériel prothétique. L’existence d’une anastomose de Blalock-Taussig apporte une motivation supplémentaire (la première étant la cardiopathie causale) à une prévention soigneuse de l'endocardite.
La déformation de l’artère pulmonaire au niveau de l’anastomose par traction au cours de la croissance, pouvant nécessiter un geste de plastie ultérieur.
En fait, de par son principe et même lorsque cette anastomose fonctionne parfaitement bien, elle présente l'inconvénient d'imposer une surcharge de travail permanente au ventricule situé sous l'aorte. Celui-ci doit en effet assurer le débit aortique normal plus le débit sanguin passant par l'anastomose. Il est donc soumis à une « surcharge de volume » qui peut être délètère à long terme. Cet inconvénient est également partagé par les autres procédés décrits ci-dessous, à l'exception de la technique de Sano.