Comme pour sa biographie, l’étude la plus détaillée à l’heure actuelle est celle de Luke Demaitre. En se basant sur son livre, voici la liste des ouvrages de Bernard de Gordon :
La Practica dicta Lilium medicine ou Lilium medicine est son ouvrage le plus connu. La grande clarté de l’ouvrage lui a permis d’atteindre une grande popularité. Arnaud de Villeneuve, son collègue montpelliérain, en possédait une copie dans sa bibliothèque. D’ailleurs, dès 1400, il fut introduit comme livre de lecture à l’université de Montpellier, et en 1520 à l'université de Vienne. De même, Bernard de Gordon était toujours cité comme autorité en médecine par Ambroise Paré et Jacques Dubois ; à Padoue, Bernard de Gordon faisait toujours partie des auteurs en circulation entre 1586 et 1636.
Il faut aussi relever que de nombreux auteurs se sont servis du Lilium medicine, qu’ils consultaient comme une encyclopédie, sans toujours le citer. Ainsi, Gérard de Solo, dans son commentaire Super Nono Almansoris mentionne Bernard de Gordon vingt sept fois, mais il emprunte beaucoup plus qu’il ne le dit. De même, Guy de Chauliac, a recopié mot pour mot une formule pour fabriquer le savon sarrasin que Bernard de Gordon donne dans le chapitre IV du deuxième livre du Lilium medicine.
Pour autant, il ne semble pas que Bernard de Gordon ait imaginé un aussi grand succès quand il dédiait l’ouvrage aux étudiants, aux médecins jeunes ou inexpérimentés, comme étant un ouvrage de médecine pratique.
Comme tous les auteurs ayant un certain prestige, Bernard de Gordon a aussi toute une série d’œuvres qui lui sont attribuées à tort.
La période allant de 1283 à 1308 est la mieux documentée de sa vie. Elle correspond aux années où Gordon exerce la charge de maître au studium de Montpellier, puisqu’il fut maitre-régent dès 1283 et probablement doyen du studium generale de l'université de Montpellier après 1289.
Malgré la grande réputation de Gordon dans le milieu médical, sa présence n’a laissé aucune trace dans les statuts de l’Université, qui mentionnent pourtant les noms de vingt-cinq maîtres entre 1289 et 1319. Le silence des statuts peut être fortuit, mais il en est de même pour les autres archives (en dehors de quelques témoignages sur la pratique réelle de Bernard de Gordon, il n’y a, par exemple, aucune note de cours).
Ses propres paroles donnent l’impression d’un homme très décidé, un peu revêche, et il est possible qu’il se soit tenu à l’écart de la vie publique en s’adonnant uniquement à ses cours et à sa pratique. De plus, la pénurie de contributions posthumes de la part de ses collègues peut probablement s’expliquer par la tendance peu charitable de Gordon de railler ses contemporains par des dénigrements à peine voilés dans ses traités de médecine.
Le manque de citations dans les écrits de ses collègues s’explique aussi par le fait qu’une œuvre de vulgarisation comme la sienne n’est que très rarement mentionnée par des professionnels, plus enclins à citer le Canon d’Avicenne ou une partie du Corpus hippocratique. Le meilleur témoignage de ses années de travail pédagogique et d’investigation scientifique à Montpellier reste son abondante production de manuscrits à caractère théorique et pratique.
La mort de Bernard de Gordon est aussi mystérieuse que le reste de sa vie. Traditionnellement, on propose les années 1318-1320 pour son décès. Ainsi, Littré, dans l’Histoire littéraire de la France , affirme : « Ranchin [?] le place à l’an 1318 ; mais comme il ne cite aucun document à l’appui de son dire, on peut croire qu’il n’y a là qu’une date approximative. » De même, selon Ulysse Chevalier, dans son Répertoire des sources historiques du Moyen Âge, Bernard de Gordon est mort « vers 1320 ». En fait, les seuls documents disponibles permettent uniquement d’affirmer que sa mort se situe avant 1330.