Le béryl, comme la tourmaline, est un minéral des pegmatites granitiques. De taille variable, parfois très grande, il se forme à la fin de la cristallisation des massifs granitiques, lorsque le magma restant s'est enrichi en eau et en éléments rares par rapport au magma de départ. Les éléments minéralisateurs (fluor, bore) favorisent le développement de grands cristaux. Dans de telles pegmatites, le béryl peut être associé à la topaze, la tourmaline, la muscovite et la lépidolite, à de gros cristaux de feldspaths et de quartz, au spodumène et à de nombreux oxydes de titane, tantale etc. (rutile, columbite etc.).
Le béryl peut également apparaître dans quelques syénites néphéliniques, syénites et marbres. La variété émeraude a une paragenèse métamorphique (schiste à biotite).
Les variétés transparentes sont utilisées comme pierres précieuses en joaillerie et sont :
Le béryl s'altère difficilement en kaolinite, en bertrandite Be4(OH)2[Si2O7], en phénacite, en l'amphiboloïde épidydimite Na(OHBeSi3O7), en cyclosilicate milarite K2Ca4Al2Be4Si24O60·(H2O).
Le béryl ordinaire est le principal minerai de béryllium.
La Nouvelle-Angleterre (Australie) possède de nombreux gisements ; la Caroline du Nord (États-Unis) est également une source de béryl ordinaire.
En France, le béryl a été signalé à La Villeder (Morbihan), vers Alençon (Orne), dans la Loire-Atlantique (Orvault), près de Bagnères-de-Luchon (Haute-Garonne), aux environs de Bessines (Haute-Vienne) et d'Autun (Saône-et-Loire).