La transmission directe du virus d'homme à homme n'existe pas. La transmission est dite indirecte car elle nécessite la présence d'un moustique vecteur : Aedes aegypti ou albopictus essentiellement. Côtoyer des « chikungunyés » ne présente pas de risque direct, sauf si ceux-ci sont piqués par des Aedes qui se gorgent ainsi de leur sang riche en virus. Il existe une transmission in-utero du virus de la mère à l'enfant (une quarantaine de cas ont été décrit en 2005-2006 à La Réunion). Le chikungunya peut alors induire des lésions neurologiques graves chez le fœtus, pouvant entraîner son décès in utero au cours du second trimestre (3 cas à La Réunion). Mais le risque essentiel est constitué par l'accouchement en période virémique, c’est-à-dire pendant que la future maman est malade du chikungunya. Dans la moitié des cas, l'enfant est alors contaminé par le virus et fait une encéphalite dans 10% des cas. En piquant une personne infectée, le moustique récupère le virus et peut ainsi le propager. L'Aedes femelle ne sera alors infestant qu'après plusieurs jours de développement du virus dans son corps : c'est le cycle extrinsèque qui amène le virus du tube digestif aux glandes salivaires du moustique.
Aucun médicament n'a été mis au point à ce jour ; seul un vaccin expérimental a été développé par l'Institut de recherche de l'armée des États-Unis. La souche vaccinale (souche thaïlandaise datant de 1962 atténuée par passages successifs sur cellule vero de singes), a été cédée par l'Institut de recherche de l'armée des États-Unis à l'INSERM qui travaille actuellement sur la préparation d'essais de phase III chez l'homme (requalification en cours - mi 2007). La souche vaccinale est en cours de requalification en France sous l'égide de l'INSERM. En cas de requalification positive, des essais vaccinaux pourraient être menés en 2007 en métropole (essais de tolérance), puis ultérieurement en période d'épidémie dans un territoire français d'outremer (essais d'efficacité).
Il n’existe pas de traitement virucide (« tueur de virus »). Ex vivo, la choloroquine (Nivaquine) s'est montrée très efficace sur le virus. Toutefois, les études de preuve de concept (choloroquine à titre curatif et préventif) conduites à la mi-2006 à la Réunion n'ont pas permis de conclure, en raison du faible nombre de personnes incluses dans l'étude, l'épidémie touchant à sa fin. Les essais se sont donc poursuivis sur modèle animal (macaques) et ont permis de conclure sans ambiguïté que la chloroquine n'est pas efficace contre le virus in vivo.
Faute de traitement étiologique, le traitement reste donc purement symptomatique : contrôle de la fièvre et de la douleur au moyen de paracétamol. Comme au cours de la dengue, l'aspirine ne doit pas être utilisée en raison des risques de saignement que cette molécule et que le chikungunya provoquent (diminution de l'aggrégabilité et du nombre des plaquettes sanguines).
Le virus n'avait pas la réputation d'être mortel, mais des cas d'encéphalites et de défaillances d'organes ont été décrits lors de l'épidémie de la Réunion. Le chikungunya ne peut donc plus être considéré comme une maladie bénigne. Il existe des formes asymptomatiques (c’est-à-dire sans fièvre ni douleurs), mais dans une très faible proportion (6 - 10 % des cas, sur des études de séroprévalence conduites à la Réunion et à Mayotte en 2006).
Les singes sont également porteurs du chikungunya, ainsi que beaucoup d'autres animaux sauvages, domestiques et de rentes. Une étude conduite sur environ 1 500 animaux à la Réunion et à Mayotte, permettra d'en savoir plus sur le réservoir animal, ainsi que sur son rôle dans l'épidémie de l'océan Indien.
La protection individuelle est par les vêtements longs et clairs et l'usage de lotions répulsives tôt le matin et en fin de journée, mais celles-ci ont une durée efficace limitée (4 à 8 heures selon les produits), la moustiquaire imprégnée de répulsifs, la pose de grillages sur les ouvertures des maisons. En raison de la très forte virémie pendant la maladie (jusqu'à 10 puissance 12 copies de virus par millilitre de sang chez le malade pendant la première semaine de la maladie), il faut également insister sur la nécessité d'isoler les malades (confinement à domicile, répulsifs...), afin de limiter la prolifération de la maladie. En effet, en période épidémique, c'est l'homme malade qui constitue le réservoir principal de virus et qui est donc un danger pour son entourage.
La seule véritable prévention à ce jour consiste donc à combattre la reproduction et la prolifération des moustiques par élimination des gîtes larvaires d'eau stagnante par exemple les vases des cimetières, les bâches des piscines, les récipients abandonnés, les gouttières, les pneus entreposés à l'extérieur, les déchets. Aedes albopictus, moustique vecteur du chikungunya est très lié aux activités humaines.
Le chikungunya fait partie de la liste des maladies à déclaration obligatoire en France métropolitaine, aux Antilles, dans le Pacifique français, et à la Réunion depuis le 19 décembre 2008. Il ne suffit pas de se protéger soi-même, il faut aussi penser à la communauté. Il existe pour ce faire un dispositif de surveillance à l'INVS.