Chrono Trigger s'est vendu à plus de 2,36 millions d'exemplaires au Japon, 200 000 en Amérique du Nord, et 90 000 en importation dans les pays utilisant la norme PAL, ce qui l'établit comme un des quatre seuls titres de Square Enix en dehors des franchises Dragon Quest et Final Fantasy à s'être vendu à plus d'un million d'exemplaires en 2003. Les deux premiers millions de cartouches sont délivrés au Japon en moins de deux mois après la sortie du jeu. Le titre rencontre un franc succès à sa sortie en Amérique du Nord, et son portage six ans plus tard sur PlayStation dans la compilation Final Fantasy Chronicles reste au sommet des classements de ventes NPD TRSTS PlayStation pendant plus de six semaines consécutives. Ce portage reparaît une nouvelle fois en 2003 dans la collection Greatest Hits de Sony.
Chrono Trigger apparaît dans l'ensemble des trois « Top 100 des jeux de tous les temps » du site multimédia IGN : d'abord en quatrième place en 2002, puis en sixième place début 2005, enfin en treizième place fin 2005. Le jeu est également inclus dans la liste de GameSpot des « Plus grands jeux de tous les temps » publiée en avril 2006, et apparaît en vingt-huitième place dans un sondage « Top 100 de tous les temps » conduit par le magazine japonais Famitsu. En outre, le titre apparaît également à la 37eme place du top 50 des licences les plus appréciées, réalisé par l'édition 2010 du Guinness Book of World Records Gamer’s Edition. Enfin, John Romero, créateur du jeu de tir subjectif Doom, cite Chrono Trigger comme étant son « jeu vidéo favori de tous les temps ».
Au succès populaire de Chrono Trigger s'ajoute le succès auprès des critiques de la presse vidéoludique. Nintendo Power qualifie le titre dans sa version originale de « plus grand jeu jamais réalisé », citant les graphismes, le son et le gameplay comme innovants par rapport aux jeux vidéo de rôle précédents. L'Official PlayStation Magazine décrit le jeu comme « original et extrêmement captivant », et exprime une réaction particulièrement favorable à ses graphismes, son ambiance sonore et son histoire. Toujours à propos du jeu dans sa version PlayStation, IGN écrit qu'« il est peut-être rempli de tous les clichés imaginables de RPG console, mais [que] Chrono Trigger arrive à se démarquer parmi la masse » avec « une histoire [captivante] qui ne se prend pas trop au sérieux » et « une des meilleure bande son jamais produite ». La version Nintendo DS reçoit elle aussi un bon accueil de la part des médias. Gameblog.fr note avec enthousiasme les ajouts apportés à ce portage et souligne «la qualité de la traduction» tandis que Gamekult.com qualifie de «bien vu» l'ajout de l'un des tout nouveaux donjons du jeu qui permet de «retrouver du challenge massif». Les sites Metacritic et GameRankings quand à eux lui attribuent respectivement un score de 92 et 91.82%. Criticator.fr, leur équivalent français n'est pas en reste, attribuant au titre une note de 93, lui faisant prendre la première place du classement des « Meilleurs jeu sur DS » pour l'année 2009 ainsi que la seconde place du classement des « Meilleurs jeux de 2009 », des classements établis par le site.
Néanmoins, un certain nombre de critiques, comme les rédactions des sites d'informations de jeux vidéo RPGFan et Cubed³, critiquent la durée de vie du jeu, cette dernière étant plus courte que dans la plupart des jeux vidéo de rôle d'époque, et notent que le niveau de difficulté du jeu est léger. Globalement, ces derniers voient toutefois la durée de vie de Chrono Trigger comme grande, due à la présence de fins multiples ; le gameplay comme simple mais innovant ; et l'histoire comme « fantastique mais pas excessivement complexe ». Dans sa critique de la version Nintendo DS du jeu, Gameblog.fr note également que «la difficulté générale se révèle assez peu élevée», sans toutefois s'y attarder.