Le Collège de Montaigu fut l’un des collèges constituants de la Faculté des Arts de l’Université de Paris.
Le Collège (originalement, le « Collège des Aicels ») fut fondé en 1314 par Gilles I Aycelin de Montaigut, l’archevêque de Rouen, et, ruiné, fut restauré par son petit-neveu Pierre Aycelin de Montaigut, évêque de Nevers et évêque-duc de Laon et fut appelé en conséquence Collège de Montaigu. L’emplacement des bâtiments se trouvait sur la Place du Panthéon, l'entrée était située rue des Sept-Voies. La bibliothèque Sainte-Geneviève fut construite juste derrière les bâtiments. Le collège bénéficiait d'amples privilèges : "Le maître sera élu entre les pauvres écoliers et par eux... L'élu sera appelé le ministre des pauvres. Il est fait mention dans ce règlement de 84 pauvres écoliers fondés en l'honneur des 12 apôtres et des 72 disciples. Les écoliers et les maîtres ne dépendaient pour la confession, ni de l'évêque de Paris, ni même du pape".
De retour en France après son exil en 1499, Standonck crée la congrégation de Montaigu. Chaque maison de sa congrégation devait être composée d'un ministre, de douze maîtres, et de soixante- douze disciples. Les disciples ne faisaient que des vœux simples, mais les maîtres faisaient des vœux plus étendus , et le père, c'est-à-dire le général de cette congrégation , devait avoir une autorité absolue. Cette congrégation est approuvée par Rome le 23 février 1501, et par Etienne Poncher le 13 janvier 1502.
Il établit des maisons à Malines, Valenciennes et Louvain qui occupa une place importante à l’Université de cette ville. Il soumit ces quatre maisons à celle de Montaigu.
Noël Béda et Pierre Tempête qui lui succédèrent négligèrent la congrégation et un certain nombre de disciples décidèrent de la quitter et se regroupèrent autour d’ Ignace de Loyola pour créer une société qui répondent mieux aux règles de la congrégation, ce qui fut à l’origine de la Compagnie de Jésus.
Quand en 1483 Jan Standonck est nommé principal le collège est à nouveau ruiné faute de moyens financiers. Il est qualifié de " collège de pouillerie " par Rabelais dans Gargantua. Ardent partisan de la réforme morale de l'Église il va y imposer la pédagogie des Frères de la vie commune, une discipline sévère rétablissant même l'usage des châtiments corporels comme le fouet et une pratique religieuse abondante.
Il organise les étudiants en classes de niveau différents organisés autour des Arts libéraux et pour finir le Quadrivium avec examen de passage.
Grâce à des dons de l'amiral de Graville et de Jean de Pontville, vicomte de Rochechouart, chambellan de Charles de France, Standonck put construire de nouveaux bâtiments.
Il accueille des étudiants pauvres et fonde la « maison des pauvres clercs ». Le collège reçoit alors d’une part des étudiants payants appelés caméristes et les pauvres qui paient leurs études en effectuant des travaux appelés domestiques ou galoches. La cape que portaient les élèves les avaient fait surnommés « capettes, capètes ou capets ».
Le collège devint l’un des centres les plus célèbres de la préréforme catholique du XVe siècle.
Ignace de Loyola avant de partir pour le Collège Sainte-Barbe y suivit en 1528-1529, des cours de pédagogie et emprunta à la règle de vie des pauvres des éléments importants pour les méthodes d’enseignement des collèges jésuites .
Noël Beda en devint le principal en 1504 à la mort de Standonck et s'adjoignit comme régent Pierre Tempête (Horrida Tempestas montum turbavit acutum),grand fouetteur d'enfants, qui devint principal à son tour en 1514 et le demeurera jusqu'en 1528, quand il résigna sa charge étant nommé curé de Champigny et chanoine de Noyon.
En 1578, John Lee de Waterford créa, avec un petit groupe de séminaristes irlandais, la Communauté des étudiants irlandais à Paris , au Collège de Montaigu.