Le collège du Plessis est un collège de l'ancienne université de Paris.
Il fut créé par Geoffroy du Plessis rue Saint-Jacques en 1322. Richelieu transféra son administration au collège de Sorbonne en 1642. L'écrivain et historien François-Joseph Bérardier de Bataut enseigna au collège du Plessis au milieu du XVIIIe siècle.
Ses locaux servirent de maison d'arrêt au plus fort de la Terreur. On y parquait notamment les détenus envoyés de province, après que le Comité de Salut Public, au printemps 1794, eut décrété que les suspects de province fussent envoyés à Paris. Ils arrivèrent surtout des villes les plus proches, comme Senlis, Compiègne ou Chantilly, qui ne possédaient ni tribunal révolutionnaire, ni guillotine.
L'endroit était très inconfortable. On enfermait les hommes dans les caves et les femmes sous les toits. Plusieurs d'entre elles en profitèrent pour se jeter dans le vide par désespoir et s'écrasèrent sur la chaussée.
Lorsque ces lieux furent à leur tour devenus trop petits, on défonça le mur qui séparait le collège du Plessis de la Sorbonne, dont on réquisitionna quelques salles de cours pour y loger des détenus. Après la Terreur, le collège fut agrégé à Louis-le-Grand.
Il fut de 1809 à 1821 le siège de la Faculté des sciences de Paris.
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