L'équipe de développement, composée de vingt cinq membres permanents et de quinze membres à temps partiel, commença à travailler sur le projet vers mi-1996, juste après Alerte rouge. Leur but dans ce nouvel opus était de conserver le gameplay et l'ambiance du Command & Conquer original ; par chance, il s'agissait quasiment entièrement de la même équipe. Les développeurs ont tout de même modifié la vue pour une trois-quart plongée donnant un meilleur effet de perspective, sans utiliser la vrai 3D polygonal, trop gourmande pour l'époque. Il leur a été difficile de satisfaire à la fois les joueurs de Alerte rouge et leurs propres intentions car tous imaginaient des améliorations possibles très différentes. Le projet se serait vite transformé en échec car l'exploration de chaque idée aurait pris trop de temps et transformé trop profondément l'esprit du jeu. Ainsi, certaines améliorations, déjà prêtes et fonctionnelles, ont été supprimés car elle ne correspondaient pas avec le reste : c'est la cas par exemple d'un système qui aurait permis de choisir, avant le début d'une mission, les unités qui seront larguées pour la bataille (un peu comme dans Warzone 2100).
L'équilibrage des deux camps n'a pris que trois mois, ce qui est peu en comparaison des six mois qu'il a fallu pour C&C et des quatre de Alerte rouge. Les développeurs ont utilisés deux approches ; tout d'abord une approche « scientifique » : « si l'on fait s'affronter 1000 $ d'unités des deux camps, les dommages causés doivent être équivalents » ; puis une plus « artistique », en jouant, modifiant légèrement un ou deux paramètres et rejouant inlassablement des centaines de parties.
Alors que les premières versions étaient fonctionnelles, il apparu que certaines missions n'étaient pas suffisamment explicites dans leur déroulement. Certains messages donnant des indications pendant une mission devaient être doublés à l'origine, mais la planification n'a pas permis de nouvelles sessions d'enregistrements, ni de revoir le design de ces missions. Le jeu aura finalement neuf mois de retard sur le planning. Brett Sperry (game designer et fondateur de Westwood Studios) a d'ailleurs une manière toute à lui d'estimer les dates de sortie : « Quand vous ajoutez une nouvelle technologie fondamentales à un projet, il faut décaler la sortie estimée de 90 jours. Quand vous en ajouter deux, il faut compter un an et pour trois ou plus, on ne peut pas prévoir de date de sortie. ». Soleil de Tiberium inclut trois nouvelles technologies :
La création des missions suit un processus très stricte qui s'améliore à chaque jeu :
L'enchaînement des missions a été pensé pour ne par être répétitif, en mélangeant des missions où l'on doit construire une base, et d'autres où l'on a qu'un nombre limité d'unités. Plusieurs missions comportent des objectifs annexes permettant aux designers de faire varier la difficulté de jeu. L'éditeur de mission utilisé en interne est directement relié au jeu et permet de tester les missions pendant leur création et de déceler les bugs plus rapidement.
Westwood Studios possédait sont propre studio de tournage - avec un grand écran bleu - et sa propre maison de post-production. Toutes les séquences (avec de vraies acteurs ou générées par ordinateur) sont écrites sous forme de storyboard puis construites : il a fallu trois mois aux six artistes 3D pour finaliser les décors.
Des problèmes de planification sont apparus pendant la phase de pré-production qui était déjà trop courte. Cependant les délais devaient être tenu car les deux acteurs principaux James Earl Jones et Michael Biehn n'auraient pas été disponibles à une autre date. Le temps alloué pour le tournage de certaines séquence complexes n'a pas été suffisant ce qui à obliger à adapter sur le moment ou à corriger en post-production ; et « ce qui n'est pas planifié et corrigé en post-production prend dix fois plus de temps de d'argent ».
Des problèmes de volume et de transfert des vidéos sont apparus pendant la phase de post-production, mettant à mal le réseau. Les séquences à traiter sur PC étaient digitalisées par un système de chez Avid, celles devant passer par une station Silicon Graphics était digitaliséés par un lecteur de bande intégré ; le tout était envoyé sur quatre serveurs, nécessitant plus de 500 Go d'espace disque.
Les vidéos sont maintenant en pleine résolution (en non plus une ligne sur deux comme sur les titres précédant), sur 24-bits de couleurs et en quinze images par seconde surpassant celles de Alerte rouge, Dune 2000 et de Alerte rouge : Retaliation.
Des ordinateurs Pentium Pro et Pentium II, de 200 jusqu'à 450 MHz double processeurs avec 128 ou 256 Mo de RAM équipés de cartes son Creative Labs tournant sous Windows 95, 98 ou NT. Il a aussi fallu des stations de travail SGI 02 équipés de carte accélératrice BlueICE.
Microsoft Visual C++, Lightwave, 3D Studio Max, Discreet Flint, Adobe Photoshop, Adobe After Effects, Adobe Illustrator, Avid Media Composer, FileMaker Pro, Deluxe Paint.
Le relief et l'éclairage changent en fonction de la nuit ou du jour mais le jeu reste en 3D isométrique (moteur utilisant des voxels).
Le jeu présente aussi un système de briefing où le joueur est totalement absent.
La barre latérale, présente depuis le premier C&C et même Dune 2, a été amélioré par l'ajout d'une file d'attente de production de cinq places par usine, de points de contrôles (waypoints) et la gestion de la consommation d'énergie.
Les armes lourdes peuvent modifier la structure du terrain en creusant des cratères ; c'est ce que le producteur Rade Stojsavljevic appel un « un champ de bataille dynamique » où « le joueur altère l'environnement ». Ce concept de bataille dynamique n'a selon pas été assez exploité ; par exemple, un joueur aurait pu mettre le feu à une forêt pour passer à travers, mais cela posait des problèmes de path-finding.