Le 14 décembre 2007 les locaux de la CNIL ont été occupés une matinée par plusieurs dizaines de personnes qui ont notamment déployé une banderole « Informatique ou libertés, il faut choisir ». Le collectif Pièces et Main d'Œuvre avance, dans un texte d'avril 2007, que la Cnil ne bénéficie que d'une « pseudo-indépendance » et rappelle que « depuis juillet 2004, la loi a décidé que les services de police n'auraient même plus à s'asseoir sur les avis de la Cnil pour créer de nouveaux fichiers. Celle-ci était inaudible et silencieuse, la voici muette. Rien qu'un guichet de police. »
Le 6 novembre 2009, le Conseil d'État a annulé deux sanctions prononcées en 2006 par la CNIL à l’encontre de sociétés effectuant de la prospection commerciale par téléphone, sanctions faisant suite à un contrôle surprise ne nécessitant aucune autorisation judiciaire. Après plainte de ces entreprises, le conseil d’État a estimé que les contrôles doivent être « préalablement autorisés par un juge », à moins que le responsable de l'entreprise ait été « préalablement informée de son droit de s'opposer » au contrôle.
La C.N.I.L. est, toutefois,j désormais tenue de respecter le secret professionnel des activités qui y sont assujetties. Cette disposition méconnue relève du nouvel article 21 de la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978 tel qu'il a été modifié par la loi n° 2004-801 du 6 août 2004 qui stipule : Sauf dans les cas où elles sont astreintes au secret professionnel, les personnes interrogées dans le cadre des vérifications faites par la commission en application du f du 2° de l’article 11 sont tenues de fournir les renseignements demandés par celle-ci pour l’exercice de ses missions.
Le Conseil constitutionnel dans une décision n° 2004-499 DCC du 29 juillet 2004 a rappelé cette obligation qui concerne donc toutes les professions tenues au secret professionnel :
15. Considérant qu'en vertu du dernier alinéa de l'article 21 de la loi du 6 janvier 1978, dans sa rédaction issue de l'article 3 de la loi déférée, les personnes interrogées dans le cadre des vérifications faites par la Commission nationale de l'informatique et des libertés sont tenues de fournir les renseignements demandés par celle-ci pour l'exercice de ses missions « sauf dans les cas où elles sont astreintes au secret professionnel »;
16. Considérant que, selon les requérants, cette référence au secret professionnel constitue « un recul quant aux garanties apportées aux exigences constitutionnelles applicables en la matière » ; qu'ils font valoir que « dans la loi de 1978, il n'était pas possible d'opposer un tel secret aux agents de la CNIL » et qu'« une telle restriction déséquilibre manifestement le régime de protection de la vie privée et de la liberté individuelle des personnes dont les données personnelles ont fait l'objet d'un traitement;
17. Considérant que, dans le silence des dispositions de la loi du 6 janvier 1978 antérieures à la loi déférée, les personnes interrogées par la Commission nationale de l'informatique et des libertés étaient déjà soumises au secret professionnel ; que, dès lors, le grief manque en fait;
En 2008, elle a contrôlé les fichiers informatisés de dix collectivités locales et de quatre en 2007, relevant diverses irrégularités. Ces contrôles peuvent être suivis d'avertissements (publics ou non), de mise en demeure voire d'amendes. 270 contrôles physiques ont été effectués en 2009. En 2009, le Conseil d'État a limité ses pouvoirs de contrôle, en l'astreignant à avertir les organisations concernées de sa visite imminente, ce que, conteste la CNIL, laisserait le temps aux organismes concernés d'effacer les fichiers compromettants.
La CNIL est par exemple intervenue sur les cas suivants :
Madame K, agent de sécurité, âgée de 24 ans, n’a pu être embauchée dans une société de sécurité et de gardiennage en septembre 2004. Elle était signalée dans le Stic pour une infraction à la législation relative aux animaux dangereux (elle promenait son chien dans la rue, non muselé et non tenu en laisse). Il y avait là une erreur d’enregistrement, cette infraction, relevant d’une contravention de 2e classe, n’aurait en effet jamais dû donner lieu à signalement dans le Stic. La CNIL l’a donc fait supprimer.
Une personne, fichée à tort, s'était vu écartée d'une candidature pour travailler sur le tarmac de l'aéroport de Roissy-Charles-de-Gaulle. Le temps de corriger les données, l'emploi a été attribué à une autre personne.