Le delta abrite une grande variété d'animaux qui attirent des milliers de touristes chaque année, venus faire des safaris dans les camps et auberges de la région.
C'est l'habitat saisonnier de nombreuses espèces, dont l'éléphant africain, le buffle d'Afrique, le lechwe, le topi, le gnou noir, l'hippopotame, le crocodile du Nil, le lion, le guépard, le léopard, la hyène, le lycaon, le grand koudou, l'hippotrague noir, les rhinocéros noir et blanc, le varan du Nil, le phacochère, le cynocéphale de Chacma et l'impala. Dans le désert du Kalahari, les lions et lionnes vivent en groupe lâche et épars car leurs proies sont petites, rares et vagabondes. En revanche, au bord du delta, les grands félins sont très rapprochés et hiérarchisés. Au bord de l'eau, ils doivent s'unir pour chasser les grands ruminants.
Le delta abrite aussi plus de 400 espèces d'oiseaux, dont l'aigle pêcheur africain, la grue royale et l'ibis sacré. Échassiers et rapaces règnent sur le peuple des eaux, tandis que les buphages, dits aussi pique-boeufs, s'arrogent pour aéroport l'échine des grands mammifères. Ainsi, un hippotrague noir (grande antilope dont les cornes peuvent dépasser 1,5 mètre) permet à ses hôtes de se goberger des parasites incrustés dans son pelage.
Les oiseaux sont les princes du delta, car la voie des airs est le plus court chemin dans ce labyrinthe.
Le gouvernement namibien projette de construire un barrage dans la bande de Caprivi pour réguler le débit d'eau, ce que certains groupes refusent, car cela mettrait en danger la riche faune et flore du delta.