Plusieurs compilations ont inclus Duke Nukem 3D. Le 16 mars 1998 sort une compilation nommée East Meets West comprenait Duke Nukem 3D: Atomic Edition et Shadow Warrior. Un autre appelé Duke Nukem: Kill-A-Ton Collection incluait Duke Nukem 3D: Atomic Edition, Duke Xtreme, Duke!ZONE II, Duke Nukem I, Duke Nukem II et différents utilitaires.
En 1998, FormGen poursuit en justice Micro Star pour sa compilation non-autorisée Nuke It. Vendu à 61 000 exemplaires, Nuke It était une compilation de 300 niveaux de Duke Nukem 3D réalisés par des fans, soit uniquement les fichiers MAP réalisés avec l'éditeur de niveau. Micro Star considèrait que les niveaux crées par les fans ne représentaient pas des travaux dérivés car le fichier MAP ne contient aucun élément du jeu, uniquement les instructions pour réarranger ces éléments. La cour a toutefois jugé que l'exploitation commerciale de niveaux de fans était une claire violation du copyright du jeu, considérant que les auteurs ont des droits sur l'histoire de Duke Nukem et que les niveaux supplémentaires peuvent être considérés comme des suites.