L'École nationale supérieure des Beaux-Arts possède un immense patrimoine, légué par les Académies royales puis régulièrement augmenté jusqu'en 1968 des travaux de ses élèves (les fameux Prix de Rome entre autres), mais aussi de tous les modèles pédagogiques acquis pour leur formation ainsi que de donations exceptionnelles.
Fortes de près de 450 000 œuvres et ouvrages, les collections de l'École des Beaux-Arts de Paris permettent ainsi de reconstituer l'histoire de l'enseignement de l'art officiel en France, qui essaima dans le monde entier, en attirant des étudiants de tous les continents et en imposant le fameux style « beaux-Arts ».
Si ces collections ne sont pas présentées de façon permanente, elles font l'objet d'expositions régulières au sein de l'École. S'agissant des dessins, le cabinet Jean Bonna a été inauguré en 2005 : deux expositions y sont organisées chaque année à partir du fonds de l'École, alors qu'une troisième est consacrée à un artiste contemporain.
Cat'zArts, catalogue informatique des œuvres graphiques, manuscrits, peintures et sculptures, est consultable en ligne. Certains fonds sont également décrits dans la base Joconde du Ministère de la culture. Cat'zArts-Livres, catalogue des livres imprimés et des périodiques, est consultable en ligne. De plus, dans le cadre de son partenariat avec l'Institut national d'histoire de l'art, les références des ouvrages du Service des collections peuvent être consultées par le biais du Catalogue collectif de l'INHA.
Logée dans la cours vitrée du Palais des études, la médiathèque de l'école des Beaux-arts de Paris est un centre documentaire spécialisé dans l'art contemporain. Fondée en 1989, la médiathèque comporte un fonds composé de livres, catalogues d'expositions, monographies d'artistes, périodiques français et étrangers, dossiers thématiques, documents audiovisuels, photographies numériques des travaux d'élèves qui documentent l'art de 1945 à nos jours. Le fonds est en libre accès dans sa majeure partie et s'adresse en priorité aux étudiants et enseignants de l'école ; elle est cependant ouverte à toute personne extérieure qui justifie de travaux de recherche, universitaires, critiques, artistes.
Le catalogue est accessible en ligne. La médiathèque édite par ailleurs en ligne un guide pour les jeunes artistes : "Entrée des artistes".
Dans le Catalogue méthodique de la Bibliothèque de l'École nationale des beaux-arts rédigé en 1873 par Ernest Vinet (1804-1878), premier bibliothécaire de l'école, il écrivait : "Parmi les grandes institutions publiques dont Paris s'honore, l'École des beaux-arts était, à la fin de 1862, la seule qui n'eut point encore de bibliothèque ... c'était un amas de livres inacessible, inconnu, ce n'était point une bibliothèque".
Depuis l'origine de l'école, il n'existait pas de local pour permettre aux élèves de consulter les livres, les manuscrits, les estampes, les dessins d'académie ou d'architecture que l'école possède. Ils étaient déposés dans l'attique situé au-dessus de la galerie des modèles ou dans des cabinets. Les envois de Rome étaient archivés à la bibliothèque de l'Institut.
Pourtant une bibliothèque était prévue sur les plans de François Debret et de Félix Duban, comme sur les projets des professeurs de l'école. En 1861, les professeurs de l'école décident de créer une salle de lecture dans l'ancienne galerie de présentation des maquettes d'architecture qui se trouvaiit dans l'aile est du Palais des Études.
Ernest Vinet est nommé bibliothécaire le 17 décembre 1862. Félix Duban est chargé de faire cette transformation avec ses conseils. Cette création est contemporaine de la réforme de l'école de 1863.
La nouvelle bibliothèque ouvre ses portes aux élèves le 25 janvier 1864. C'est une salle rectangulaire de 20 m par 8.
Dans son rapport de 1863, Ernest Vinet présente la bibliothèque et en particulier les meubles qui ont dû être créés pour recevoir certains grands documents et placés dans deux grandes épines dans l'axe médian de la salle : "L'École possède un grand nombre de dessins d'architecture qui forment cent soixante volume in-folio. Il est de ces volumes qui n'ont pas moins de 1,70 m de hauteur. Ce qui nous contraint à leur consacrer des meubles tout exprès". Les rayonnages sont placés contre le mur face aux fenêtre. Des tables sont placées dans l'axe médian, entre les meubles, pour recevoir douze à quinze lecteurs. Sous les fenêtres ont été placés des casiers mobiles avec des médaillers vitrés. Des tableaux de l'ancienne Académie royale de peinture sont placés sur les murs.
Dans les années 1940, il devient évident qu'il faut agrandir la bibliothèque.
En 1967, la bibliothèque est agrandie d'une salle des périodiques et d'une bibliothèque pour les études élémentaires placées dans la galerie nord du Palais des Études.
La bibliothèque est rénovée en 1975.
Dans les années 1990, le mécénat grec des "amis de Stratis Andréadis" a permis la transformation de la bibliothèque en médiathèque d'actualité portant son nom. La médiathèque a ouvert ses portes en 1994.