Cette église est la Tour de Pise de Caen ; il est en effet difficile de ne pas voir son air penché. La tour-porche s'incline en effet au nord-ouest (2,28m en 1700) car l'église a été construite sur un sol marécageux. C'est d'ailleurs la raison pour laquelle elle n'est pas terminée.
L'élévation de la tour-porche, haute de 46 mètres, est assez proche de celle de l'église Saint-Pierre. La base, construite au XIVe siècle, est composée de murs aveugles scandés par une série d'arcatures en tiers-point. L'accès à l'église se fait depuis la rue Saint-Jean par un petit porche en saillie sur la façade ; au-dessus la façade est percée par une grande baie en ogive. Chaque façade de la partie supérieure, édifiée au XVe siècle, est composée de deux arcades en ogive, hautes et étroites, flanquées de deux arcatures sur mur aveugle ; ces baies sont ouvertes pour permettre à la sonnerie des cloches de mieux se diffuser. Au sommet de la tour, des niches abritent des statues des douze apôtres. La tour est coiffée par un simple toit en ardoise de faible hauteur entouré d'une balustrade en pierre ; il semble que l'église aurait dû être coiffée d'une flèche comme à Saint-Pierre, mais l'instabilité de l'ouvrage en a empêché la construction. Une autre caractéristique différencie la tour de Saint-Jean de la tour de l'église Saint-Pierre : elle se trouve dans l'axe de la nef et non pas sur le côté.
Une tour-lanterne a été élevée au XVIe siècle au-dessus du transept. À partir d'une base carrée, une tour octogonale devait être érigée, mais les travaux ont dû cesser du fait de l'instabilité du terrain. Les arcades n'ont donc jamais été terminées et le niveau inférieur de la tour a été couvert par un simple toit en ardoise. Chaque angle est ponctué par un pinacle de style Renaissance.
L'église fait 70 mètres de long pour 22 mètres de large au niveau de la nef et 32 de mètres de large entre les deux transepts. La superficie au sol de l'église est de 1641 m².
Le plan de l'église offre deux particularités :
Des statues, du mobilier liturgique et des toiles ont été entreposés dans l'église.
En 1812, l'ancien maître-autel de l'abbaye d'Ardenne, réalisé au XVIIIe siècle, a été installé à Saint-Jean. Il a été détruit à la fin du XIXe siècle, mais deux statues en bois polychrome représentant saint Norbert et saint Augustin ont été conservées et ont été classées monument historique au titre d'objet le 21 décembre 1908. D'autres statues ont été installées dans différentes parties de l'église :
Une crédence du XVIIIe siècle en bois taillé et doré a été classée le 18 février 1977. Après la Révolution, l'ancien maître-autel de Notre-Dame du Carme a été remonté dans le transept sud. Cette œuvre du XVIIe siècle, endommagée en 1944, a été classée au titre d'objet le 2 décembre 1975. Des statues sont posées de chaque côté de l'élévation du retable : à gauche, saint Joseph et à droite sainte Thérèse d'Ávila. Au centre, on trouve une statue de taille plus réduite représentant sainte Catherine. Le centre du retable est orné par une toile représentant l'Annonciation. Cette toile ne semble pas avoir été conçue pour ce retable. Alors que l'ensemble date de la fin du XVIIe siècle, il semble que le tableau soit antérieur à 1620.
D'autres tableaux ont été déposés dans l'église :
L’orgue Haepfer Hermann de l’église St Jean de Caen a été installé en 1969. Son prédécesseur au superbe buffet classique construit en 1770 a été détruit pendant la Seconde guerre mondiale. Le grand orgue actuel d’esthétique néoclassique se situe dans le transept Nord, la tribune n'ayant jamais été reconstruite. Il est à commande mécanique et peut donc servir la majorité du répertoire d’orgue de la musique ancienne aux musiques actuelles. Il dispose de 38 jeux dont la composition est :
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L’église dispose également d’un orgue de chœur Cavaillé-Coll d’une quinzaine de jeux toujours en état de fonctionnement.