À l'intérieur et à l'extérieur, Genesis II comporte plusieurs systèmes destinés à des fins scientifiques, de divertissement, et commerciales.
Pour l'aspect science, Genesis II comporte une version améliorée du module de sciences de la vie d'origine et est familièrement appelé "Life in a Box". Ce module comprend des habitats pour trois organismes: le cafard sifflant de Madagascar ("Gromphadorhina portentosa"), déjà transportée à bord de Genesis I, le scorpion d'Afrique du Sud ("Hadogenes troglodytes") et une colonie de fourmis moissonneuses-graines ("californicus Pogonomyrmex"), avec la reine des fourmis donnant, à long terme, des possibilités de colonisation. Cet habitat comprend des systèmes automatisés d'adduction de nourriture et d'eau, et des ventilateurs gardent l'air frais à disposition par circulation d'air interne avec celui à l'intérieur du reste de l'engin spatial. Des capteurs et des caméras surveillent la santé et les activités des habitants du module "Life in a Box", et des images de l'intérieur sont destinés à l'affichage sur le site Web de Bigelow.
Il y a deux charges utiles commerciales figurant sur Genesis II. La première est le programme "Fly Your Stuff", qui permet aux particuliers et aux clients d'envoyer des photos et autres petits objets en orbite en payant une taxe. Plusieurs dizaines de ces objets ont été lancés, et ont ensuite été photographiés et filmés par les caméras de la sonde et affichée sur le site Web de Bigelow pour les clients. En Décembre 2007, tous les objets lancés dans le cadre de ce programme avaient été photographiés et distribués aux clients. Cela comprenait le premier litchi dans l'espace. Guy Pignolet de Pluton, professeur à l’Université de La Réunion, à Sainte-Rose, à la Réunion, a fourni le litchi qui a été affiché sur le site Web de Bigelow Aerospace.
Une seconde charge utile est le système de projection d'image externe qui a testé la capacité de projeter des images et des messages sur la coque du vaisseau spatial. Deux projecteurs et des caméras associés sont situés sur la pointe des panneaux solaires, et la compagnie a des plans éventuels pour permettre au public d'envoyer des images et la vidéo à afficher. En août 2007, il n'y avait aucun projet ferme sur la façon dont ce serait traitée en raison des limites actuelles de la bande passante montante, et cela était considéré comme un projet expérimental "fun".
Pour le divertissement, Genesis II transporte un jeu "Space Bingo" visant à favoriser l'intérêt public dans le programme. Le jeu sera lancé plusieurs mois dans la mission et sera libre de jouer, mais aucun jeu d'argent réel n'est inclus. Le module de jeu contient un ensemble complet de boules de Bingo qui sont manipulées de façon aléatoire un à la fois par un système de ventilateurs et de leviers, remise à zéro après que quarante balles sont entrées en jeu. Pendant la partie, les images seront diffusées à ceux qui sont en train de jouer.
Genesis II dispose d'un certain nombre d'améliorations par rapport au premier éclaireur qui a été lancé. En plus de la direction des systèmes de contrôle standard utilisé sur Genesis I, il possède des assemblées de volants et un système de mesure de précision, qui sont utilisés pour influer sur la rotation du module et sur le taux de moment angulaire sans dépenser de carburant. Il transporte 22 caméras—neuf de plus que sur Genesis I —pour photographier et filmer la cargaison et les conditions tant à l'intérieur qu'à l'extérieur du vaisseau. Certaines d'entre elles sont sur des plates-formes articulées, et une caméra sans fil sera capable de filmer des plans extérieurs additionnels. Au lieu du système de citerne de gonflage unique utilisé sur le premier engin, Genesis II emploie des réservoirs multiples pour une fiabilité accrue et permettant de régler plus finement le contrôle du gaz. Des couches supplémentaires ont été ajoutées à l'écran de protection extérieur pour une meilleure protection et une gestion thermique. Enfin, la suite de capteurs embarqués a été amélioré avec des capteurs supplémentaires de pression, de température, contrôle d'attitude et de détection des radiations, ce qui aidera à déterminer l'impact de l'environnement orbital sur l'intégrité des systèmes de bord.