Dans la conjoncture économique de crise économique, les grandes écoles semblent progressivement perdre de leur prestige auprès du corps étudiant, contrairement à l'inflation de candidatures au concours qui constituent un simulacre d'aura, en tout cas seulement la manifestation d'une démocratisation de l'accès à une grande école, notamment pour les classes moyennes. Globalement, les grandes écoles orientent leur politique générale sur quatre axes. D'une part, celles-ci mettent en place une internationalisation de leur campus, qui se traduit souvent par des quotas, les partenariats avec les universités étrangères et l'intégration des jeunes diplômés dans une vie professionnelle à l'étranger. D'autre part, l'instauration d'une voie spécifique d'accès (E.S.S.E.C., I.E.P. Paris) pour des lycées classés ZEP constituent une volonté de montrer un décloisonnement face à la réalité sociale, par opportunisme, en tout cas non sans arrière-pensée en terme d'image auprès du public, alors que ces grandes écoles n'ont jamais manifesté d'intérêt particulier pour les lycées basés dans les quartiers difficiles. La création de Fondation (« fundraising ») sur le modèle américain pour H.E.C par exemple, apparait comme un outil qui permet de générer de nouvelles sources de financement grâce aux dons des anciens diplômés. Et enfin, la constitution de doubles diplômes (H.E.C., E.M. Lyon, Centrale...) avec des universités françaises ou étrangères contribue à créer des complémentarités entre les formations.
Plus largement, le diplôme d'une grande école ne constitue plus aujourd'hui un passe-droit pour accéder à un emploi. D'ailleurs, de nombreux jeunes diplômés peuvent connaitre une grande désillusion et une précarité (C.D.D, job d'été, emploi subalterne, intermittent, freelance, auto-entrepreneur, stage, chômage, R.S.A...) qui sont de plus en plus fréquentes après le diplôme, voire de longues années après la diplomation pour certaines écoles, éléments encore fortement tabous au sein des directions générales des grandes écoles qui préfèrent annoncer par voie de presse des niveaux de salaire à la hausse, puisque les difficultés d'accès à l'emploi n'en demeure pas un dommage collatéral pour la pérennité de l'institution. Dans cette perspective, d'anciens diplômés de grandes écoles peuvent connaitre une baisse sensible de niveau de vie, et ont rencontré, eux aussi, des difficultés liés à l'emploi (licenciement, pré-retraite, auto-entrepreneur...). Somme toute, la grande école peut se conjuguer aujourd'hui avec l'insécurité de l'emploi.
C'est pourquoi, d'une façon générale, l'intégration des grandes écoles française dans la mondialisation reste une nouvelle chance, et peut-être une opportunité pour celles-ci, une façon toutefois de faire oublier leur lent déclin. La constitution de « super » campus (ParisTech) constitue également un moyen de fédérer des énergies autour d'une base solide et de dégager de nouvelles synergies nécessaires à leur pérennité, déjà à l'échelle internationale dans un contexte de concurrence et encore en France.
Le système redondant de l'enseignement supérieur français caractérisé par l'existence de structure d'enseignement supérieur en dehors des universités est l'objet de critiques multiples.
La critique la plus fréquente de cette exception française est celle d'être un outil de reproduction sociale, comme le pointe la FSE, d'une micro-élite, « qui se serre les coudes à la tête des grandes entreprises et ne s’ouvre pas aux talents extérieurs ni ne se remet en cause » si on se réfère aux auteurs du livre Grandes écoles, la fin d'une exception française, cette endogamie est considérée comme un non-sens économique et est accusée de constituer une réseaucratie.
La plupart des grandes écoles sont publiques et quasiment gratuites, mais les sommes consacrées par étudiant sont bien plus importantes que ce qui est consacré par étudiant dans l'université, alors même que les élèves sont issus en moyenne de classes sociales plus élevées, une sorte de « redistribution à l’envers ».
Les conséquences en matière de faiblesse de la recherche privée sont aussi pointés. Le syndicat SUD étudiant estime que, « les grandes écoles sont très largement coupées de la recherche et les dirigeants d’entreprises qui en sont issus n’ont en général eu aucun contact avec la recherche, contrairement a ce qui se fait de façon presque généralisée au sein de l’université, de ce fait ces dirigeants ne comprennent rien à la recherche et nous avons un pays où la recherche privée est quasiment inexistante ». Selon Pierre Veltz, « l’essentiel de la recherche en France est dans les universités et non pas dans les écoles ». Cependant la conférence des grandes écoles indique que le nombre de thèses soutenues au sein des grandes écoles augmente, indiquant un renforcement de la recherche au sein de celles-ci.
Cette juxtaposition de deux systèmes d'enseignement supérieur favoriserait aussi le développement de l'enseignement supérieur privé assimilé dans l'imaginaire collectif aux grandes écoles et donc constituerait, selon le syndicat SUD étudiant, « un terreau propice pour le développement en dehors de l’université d’un enseignement supérieur de qualité inférieure obéissant aux mécanismes de marché, une image flatteuse, un enseignement au mieux équivalent à celui de l’université (leurs enseignants en sont souvent issus), des frais de scolarité souvent assez élevés et une sélection plus ou moins fictive, c’est la galaxie des écoles privées dont la qualité est très variable et qui pour la plupart tentent d’être assimilées dans l’esprit des clients aux véritables grandes écoles. ».
Parmi les personnalités politiques qui se sont prononcées en faveur d'une suppression des grandes écoles, l'on peut remarquer Vincent Peillon, en février 2010.