En 1947, les quatre îles des Comores obtiennent une autonomie administrative et à la suite du référendum de 1958, le statut de territoire d'outre-mer. L'instabilité politique de l'archipel s'accroît, focalisée par la lutte entre le rassemblement démocratique du peuple comorien (les turbans blancs du R.D.P.C.) et l'union démocratique comorienne (les turbans verts ou partisans modernistes de l'U.D.C.). En 1972, le gouvernement du prince Saïd Ibrahim est mis en minorité, remplacé par celui du prince Saïd Ibrahim Jaffar contraint à son tour à démission le 19 octobre suivant. En septembre 1972, empruntant une idée fédératrice, celle de la revendication d'indépendance, aux membres du Mouvement de Libération des Comores, réfugiés à Dar es-Salaam, les formations majoritaires fusionnent momentanément. Le conseil des ministres de la métropole observant les divergences de vues des appareils politiques, prononcent la dissolution de la chambre des députés du Territoire des Comores le 15 novembre 1972.
En décembre 1972, les élections confirment le succès de deux partis majoritaires, œuvrant à l'indépendance. La France accepte les négociations mais se trouve embarrassée car, seule île de l'archipel affirmant une dissidence marquée vis-à-vis de ces voisines depuis 1958, Mayotte a voté positivement au référendum pour conserver ses liens avec la France. Les autres îles déclarent leur indépendance. Le vote est de 63,8% en faveur de la conservation de ce lien, alors qu'il n'est que de 0,6% dans les autres îles (soit 99,4% contre).
La société mahoraise, plus encore que celles des autres îles des Comores, est très peu influencée par le mode de vie occidental et vit au rythme de la vie musulmane traditionnelle. Mais les causes réelles de ce puissant refus sont triples :
Jouant sur les rancœurs exacerbées, le MPM ou Mouvement Populaire Mahorais n'a pas de mal à mobiliser pour la préservation d'une légitime tutelle française. Il bénéficie de surcroît de l'incroyable enthousiasme des femmes mahoraises et de leurs généreuses associations pleinement actives à défendre cette dissidence.
Hésitante devant les pressions internationales attisées par la République des Comores qui s'estime flouée d'une part de son territoire naturel, la République Française accepte de reconduire un nouveau scrutin pour Mayotte. Le débat à l'assemblée nationale suscite une motion politique du RPR qui, voté le 3 juillet 1975, propose une loi de validation d'autonomie île par île.
Mais tout s'accélère : pressé par l'opinion publique comorienne, le président Ahmed Abdallah proclame l'indépendance le 6 juillet 1975. Le mouvement mahorais entre en dissidence, s'affirme le seul légaliste, et condamne la sortie du cadre des discussions. Un coup d'État organisé le 3 août met en place un gouvernement présidé par le prince Jaffar, homme de paille d'Ali Soilih. En septembre, les révolutionnaires capturent à Anjouan le président Ahmed Abdallah en résistance et contrôle l'essentiel des trois îles. Des négociations commencent toutefois à Paris, mais en octobre 1975, l'ONU reconnaît l'état comorien dans les limites définies avant 1975, mettant un point final à la négociation laborieusement ouverte. Par peur de représailles sur ces ressortissants, la France décide de retirer tous ses agents et fonctionnaires des Comores. Les services restent sans techniciens, les lycées vides d'enseignants. Alors qu'ils partent dans l'anonymat ou sous des huées organisées d'insultes dans le reste des Comores, Mahorais et Mahoraises les retiennent et s'opposent à ceux qui voudraient abandonner, par crainte des troubles à venir, le service public. Le 21 novembre 1975, Ali Soilih organise une marche rose, pacifique, pour reprendre Mayotte mais échoue à convaincre les dissidents mahorais.
La France organise un référendum spécial le 8 février 1976, les habitants de Mayotte confirment encore plus massivement leur premier vote avec plus de 90 %. Le gouvernement est à nouveau dans un réel embarras pour justifier sa politique internationale de non-intervention et les accords préexistants. Le parlement français, après une enquête méticuleuse, entérine les votes mahorais le 24 décembre 1976. Mayotte devient une collectivité territoriale au prudent statut provisoire initial prévu pour cinq années. L'assemblée générale des Nations unies et l'Union africaine condamnent et menacent, la France est isolée.
Mais, face à la menace d'invasion militaire qui plane sur Mayotte, les Français ont aussi des forces militaires qui savent protéger les populations qui ont librement choisi de vivre avec eux, sans discrimination de religions et de familles, de richesses sociales et de couleurs de corps. Entre 1977 et 1978, une intervention de couverture militaire est organisée, affirmant une présence maritime française dans le canal du Mozambique jusque-là délaissé. Une garnison, composée de troupes de la légion et d'infanterie de marine gravite autour la nouvelle base mahoraise gérée par la marine nationale.
Le parlement français perçoit aussi la gageure juridique pour intégrer la population mahoraise. Une administration préfectorale est installée par défaut pour gérer avec prudence en fonction des principales normes administratives la collectivité mahoraise. Si le droit français s'applique, le droit traditionnel musulman peut également y être appliqué au gré des justiciables par les tribunaux locaux présidés par les cadis (de l'arabe قاد signifiant juge).
Le parlement proroge par la loi du 22 décembre 1979 une nouvelle période quinquennale le statut de la collectivité de Mayotte.