De 1846 à 1886, Mayotte dépeuplée est une piètre et éphémère colonie sucrière. Le roseau sucré est cultivé sur la Grande Terre. En 1856, un travail forcé est établi pour remédier à l'absence de main d'œuvre, il provoque la « Révolte de Bakari Koussou ». Les travailleurs des plantations en nombre insuffisant sont en particulier soumis à des conditions de travail inhumaines. Très vite, les planteurs français qui ne veulent pas perdre le bénéfice des bons sols mahorais modernisent les installations de traitement de la canne à sucre. Alors que la population de simples travailleurs de plantations s'accroît après 1860, des usines à sucres modernes naissent à Debeney (Dembeni), Kaweni et Dzoumogné. La production annuelle de sucre atteint 1 500 tonnes et pourrait être étendue au besoin sur 8000 ha de terres cultivables, soit le quart de la superficie de l'île. Mais les années 1880 confirment le déclin de l'activité sucrière, soumise à une concurrence internationale.
Mais les domaines ont déjà diversifié leurs productions : ils cultivent de la cannelle, du poivre, du girofle et du café qui poussent bien sur les sols rouges. Ils vendent aussi des fibres cellulosiques : coton et sisal, tout en gérant de façon spéculative leurs réserves de bambous géants, lianes et "bois noirs". Ils importent de l'île de la Réunion des lianes de vanilles. Les bois de construction sont rares car, attestant des défrichements multiséculaires, il y a peu de grandes forêts avec des reliquats de takamaku blanc, de bois d'ébène et de bois de natte. Il ne reste que le bois de cocotier commun.
Confrontés à une baisse de leurs revenus, les domaines prennent en partie modèle sur les pratiques culturales des populations mahoraises les plus modestes qui marquent les zones habitées, par des champs de manioc environnés de bananiers et de cocotiers. La distillation traditionnelle par alambic de plantes à parfum les incite à étendre les cultures traditionnelles de basilic, de citronnelle, de palmarosa ou initier la culture d'ylang-ylang. Pour cette culture, Denis de Bellemare importe dans son domaine de Kangani en 1905 des plants de Cananga Odoranta, dont il adapte la pratique culturale sous forme de sarments développés par contrainte en branches tordues à hauteur d'homme.
Obéissant au dernier vœu du sultan, les Français installent une première école publique à Dzaoudzi en 1864. Le gouvernement de Mayotte qui y siège, appuyé par la flotte française, administre plus de 24300 habitants d'îles, réparties sur trois secteurs assez éloignés : Helleville ou Nossi Bé, Sainte-Marie et Mayotte qui comptent respectivement 15000, 5900 et 3400 habitants recensés.
La période coloniale, installant une caste financière, raciste et élitiste au pouvoir, instaure un pillage marchand des matières premières et une exploitation éhontée des ressources humaines. Elle ne commence véritablement qu'après 1873. Cette idéologie fait autant de victimes en proportion parmi les premiers colons, hommes d'initiative et de labeur que parmi les populations attachées aux modes de vie traditionnels. Ses effets sont d'autant plus dévastateurs que les militaires français ont imposé la paix et qu'un possible regain de prospérité était à la portée de tous. Profitant d'un discours caricatural ou dogmatique, mais toujours mensonger, du Progrès qui envahit les esprits, quelques opportunistes ou spéculateurs s'enrichissent au niveau local en dépit de la chute et du malheur du plus grand nombre : parmi eux, des maîtres de domaines aux mains propres s'occupant mieux d'affaires, de propagande ou de lobbying, ou bien de politique et de corruption, mais aussi indispensables à la justification de ces abus immoraux, quelques petits et grands fonctionnaires laxistes et corrompus ou encore de très nombreux compradores habiles à s'imposer dans le rôle d'intermédiaires.
En 1886, Humblot, un amateur français d'orchidées devenu aventurier politique, convainc le sultan d'Anjouan de placer son pays, c'est-à-dire les îles de Grande-Comore, Anjouan et Mohéli sous protectorat français. L'hégémonie française sur les Comores porte au paroxysme la rivalité franco-anglaise. Puis la tension guerrière retombe en 1890 alors que les contentieux disparaissent subitement par un accord diplomatique entre les deux nations coloniales : les Anglais obtiennent la zone de Zanzibar et la sécurité de leurs places dans l'océan Indien, les Français sont désormais sans rival aux Comores et à Madagascar.
Le 30 mars 1896, le protectorat s'étend sur l'ensemble de l'archipel, Mamoudzou en devient la capitale. Le 9 avril 1908, Mayotte, au statut de colonie, et les trois îles comoriennes, au statut de protectorat, sont rattachés au gouvernement général de Madagascar. Le 25 juillet 1912, la France confirme par une loi la précédente annexion de l'ensemble de l'archipel. Celui-ci est désormais placé sous la dépendance administrative régionale de Madagascar. Désormais Mayotte n'est qu'une des quatre îles des Comores sous la vaste égide malgache. Noyé au sein de l'immense gouvernement français de Madagascar, les Comores souvent méconnues sont oubliées pendant la ridicule apogée coloniale française des années trente, vantant des valeurs surannées alors que la réalité du pouvoir passe par les intérêts des comptoirs des puissantes sociétés commerciales, telle la société coloniale homonyme du lieu de sa fondation Bambao sur l'ile d'Anjouan.
Un état de déréliction s'installe durablement, de nombreux Comoriens quittent leur contrée natale pour gagner parfois succès les côtes de l'Afrique ou Madagascar. Pourtant beaucoup reviennent avec en tête l'utopie nationaliste. Ils se sentent frustrés de toutes les commodités d'un progrès inenvisageable dans leur pays figé dans des structures qui ont résisté tant bien que mal aux dernières offensives colonialistes des années trente. Cet état de déréliction de l'économie, le désintérêt de l'État français qui n'a plus de facto qu'un pouvoir nominal, l'abandon des populations fidèles à la France qui rend justice des droits et des devoirs ne sera dénoncé que dans les années soixante par quelques Français intéressés par le monde maritime. Paul-Émile Victor et les rédacteurs de l'encyclopédie Marco Polo tirent ainsi une sonnette d'alarme, totalement inaudible pour les représentants métropolitains, au début des années 1970.