Depuis 1975, l'île de Mayotte est toujours revendiquée par l'Union des Comores et l'Union africaine reconnaît ce territoire comme occupé par une puissance étrangère. En 1976, La RFI des Comores a saisi le Conseil de sécurité des Nations unies qui rejette la demande de reconnaissance de la souveraineté de la RFI des Comores sur Mayotte par 11 voix pour et une voix contre (« véto français »). Durant ce temps, les élus de Mayotte, fortement poussés par la population, tentent d'obtenir de la France le statut de département français afin d'assurer un ancrage définitif de l'île au sein de la République Française.
L'économie délabrée des Comores ainsi que les graves troubles causés par la restructuration étatique comorienne dès l'arrivée au pouvoir d'Ali Soilih le 2 janvier 1976 provoque un chaos et une anarchie épouvantable qui jettent des milliers de réfugiés à Mayotte, île qui s'obstine à rester française. Ces émigrés fuient l'action des comités politiques instaurés par le pouvoir comorien. Ceux-ci galvanisent les lycéens désœuvrés à détruire la vie traditionnelle (mariages, funérailles, vieilles croyances des plus pauvres, port du voile, libres signes de distinction religieux ou ethnique...). Ils s'efforcent d'humilier les notables et marchands qui ne soutiennent pas les actions du régime autoritaire et organisent des campagnes militaires contre les mosquées, supposés lieux de résistance au régime qui doit apporter le bonheur à tous. En 1978, 8000 réfugiés comoriens vivent à Mayotte qui ne compte encore que 47000 habitants.
L'installation de la garnison et de la nouvelle administration préfectorale française, calquée sur celle de la métropole, provoquent un afflux monétaire sans précédent. Les meilleurs agriculteurs délaissent leurs champs pour prendre un emploi de service à faible qualification. Le passage du SMIC à 800 Francs détermine le retrait des sociétés coloniales : elles vendent leurs terres à la France. Ainsi échoit à l'autorité politique et administrative coup sur coup deux adaptations à l'économie moderne : la production de cultures vivrières et la mise en valeurs des ressources locales pour l'exportation.
À partir des années 1990, on note un fort investissement économique français et un profond changement de la société mahoraise.
En 1995 : face à la croissance de l'immigration en provenance des autres îles commoriennes, le gouvernement Balladur abolit la libre circulation entre Mayotte et le reste des Comores. Les Comoriens sont dès lors soumis au régime des visas. Le 27 janvier 2000, les principaux partis politiques de Mayotte signent « l’accord sur l’avenir de Mayotte » et sur son édification en collectivité départementale.
Le 11 juillet 2001, une nouvelle consultation électorale approuve à 73% la modification du statut de l'île qui change pour un statut assez proche de celui des départements d'outre-mer : une collectivité départementale d'outre-mer. Le 28 mars 2003, la constitution française est modifiée et le nom de Mayotte est énuméré dans l'article 72 concernant l'outre-mer.
Du côté des Comores, la question de Mayotte perd peu à peu son importance. Ainsi, depuis 1995, la question de Mayotte n'a plus été inscrite à l'ordre du jour de l’Assemblée générale de l'ONU. En 2005, le colonel Azali Assoumani, président des Comores depuis 1999, a déclaré qu'« il ne sert plus à rien de rester figé dans nos positions antagonistes d’antan, consistant à clamer que Mayotte est comorienne, pendant que les Mahorais eux se disent Français ». Il autorisera donc Mayotte à se présenter aux jeux des îles de l'océan Indien sous sa propre bannière.
Depuis le rattachement à la France, l'immigration clandestine venant essentiellement d'Anjouan (l'île la plus proche) n'a fait que s'accentuer. En 2005, près de la moitié des reconduites à la frontière effectuées en France l'ont été à Mayotte.
Cette question de l'immigration crée aujourd'hui des tensions locales. Jusqu'à présent, les immigrés clandestins comoriens, venus chercher l'Eldorado, servaient souvent de main d'œuvre bon marché, dans des conditions de travail proches de la condition d'esclave, pratique courante depuis des années et exercée en toute impunité par certains entrepreneurs mahorais. Aujourd'hui, alors que la politique intérieure de la France s'est resserrée et que la démographie locale ne fait qu'augmenter, le désir de refouler ces clandestins vers les Comores se fait de plus en plus sentir. Aucune structure n'existe pour aider ces clandestins, aucun service social hormis la DDASS, et la coopération entre la France et les Comores reste embryonnaire sur la question de la santé, malgré la présence de coopérants français médicaux à Anjouan.
Dzaoudzi-Labattoir a été le chef-lieu transitoire de Mayotte. Mamoudzou en est devenu le chef-lieu par arrêté ministériel.