La VFR800 est une évolution de la VFR750, la cylindrée passe de 750 cm³ à 800 cm³ avec une alimentation par injection directe séquentielle.
La cylindrée est augmentée, le modèle est renommé "800". La transmission primaire, par cascade de pignons, nécessite moins d'entretien qu'une transmission par chaine. Le freinage se voit adjoint le système Dual CBS (1998) où le freinage est réparti sur les deux roues tout en laissant la puissance de freinage s'exercer principalement sur la roue désirée par le pilote.
En 2000 antidémarrage codé, pot catalytique, refonte de l'électronique d'injection et une baisse notable de consommation (de 11 à 20% selon les essayeurs).
En 2001 modifications mineures dont le régulateur de tension qui posait des problèmes récurrents sur les modèles précédents.
La série V-TEC se voit attribuer le système de même nom chargé de gérer le passage du moteur de deux à quatre soupapes par cylindre, afin de gagner en couple à bas-régime et réduire la consommation d'essence, ainsi que le couplage du Dual CBS avec l'ABS (en option).
En 2006, modification notable du VTEC, pour gommer l'à-coup à 7 000 rpm qui se produit lorsque les quatre soupapes par cylindre entrent en fonction.
Son moteur n'est plus équipé d'une distribution par cascade de pignons. C'était une particularité des anciens modèles qui est dans les esprits synonyme de robustesse, car à changer tous les 250 000 km. Le nouvel entraînement par chaîne est toutefois lui aussi très performant, mais à fréquence de changement plus élevé, donc plus coûteux en maintenance.