Le seuil peut varier entre 0 et 1. Un lien n'est tracé que si, non seulement la corrélation totale, mais encore toutes les corrélations partielles correspondantes, sont supérieures au seuil en valeur absolue, et de même signe. Cette condition est sévère, et les liens qui subsistent sont, en général, riches d’information.
Augmenter la valeur du seuil diminue le nombre de liens, et clarifie la figure, mais diminue aussi l’information, surtout quand la variable d’intérêt dépend de plusieurs variables indépendantes.
Il est souvent préférable de prendre un seuil assez bas. Puis, si la figure complète est trop touffue, de ne dessiner que les liens à la variable d’intérêt.
À titre d’exemple, lorsqu’on aborde de nouvelles données, et qu’on ne sait pas quel seuil choisir, on pourra commencer par :
Dans notre exemple, même au seuil nul, le lien (poids,note) n’est pas tracé, car la corrélation partielle par rapport à l’âge est de signe contraire à la corrélation totale. Mais le lien (assiduité,note) apparaît, et il y a plus d’instants remarquables.
L‘exemple ci-dessus a montré deux sortes de points : les variables (carrés), et les « instants » (triangles). Une fois trouvé les liens entre ces éléments, positifs (traits pleins) ou négatifs (traits pointillé), il reste à les dessiner sur le papier.
Toute latitude de positionnement est laissée à l’analyste, puisque l’interprétation dépend des liens et non des positions.
Autant que possible, il faut éviter les croisements inutiles entre liens, gênant la lecture. Le schéma suivant, par exemple, est moins lisible que le précédent, bien que l’interprétation soit la même (liens identiques) :
Plusieurs approches peuvent être utilisées pour disposer les points de façon automatique.
Une première approche consiste à projeter le nuage de points des variables sur les deux premiers axes d’une analyse en composantes principales. Mais les projections ne sont pas toujours adaptées à une bonne lisibilité lorsqu’il y a beaucoup de composantes principales statistiquement significatives, et particulièrement en cas de mélange de variables qualitatives et quantitatives.
Une deuxième approche repose sur les algorithmes de force (Kamada-Kawai ou Fruchterman et Reingold par exemple) qui simulent un système de ressorts sur les arêtes du graphe : la définition d'une force répulsive entre les arêtes, et d'une force attractive ente les arêtes connectées permet d'obtenir un équilibre. Le dessin est en général satisfaisant pour les structures arborescentes, mais, au-delà de quelques dizaines de sommets, la compréhension est difficile en cas de structures bouclées sur plusieurs dimensions.
Enfin, une troisième approche consiste à tirer parti de l’interprétation géométrique du coefficient de corrélation (cosinus), et à dessiner le schéma à la surface d’une sphère à 3 dimensions :