En raison de sa situation géographique proche des îles Canaries et de sa prise de possession par les Portugais, ces îles font l'objet d'une dispute frontalière entre l'Espagne et le Portugal. La souveraineté des îles a été conférée au Portugal en 1938 en l'absence de représentants espagnols, et l'Espagne n'a jamais reconnu officiellement cette souveraineté. En particulier, l'Espagne ne reconnait pas de zone économique exclusive portugaise autour de ces îles, considérant que les conditions définies par la Convention des Nations unies sur le droit de la mer ne sont pas remplies. Au cours des dernières décennies du XXe siècle, plusieurs bateaux espagnols ont été arraisonnés dans des eaux revendiquées par le Portugal et plusieurs avions de chasse espagnols ont réalisé des survols de ces îles.
Chronologie
1881 – Pendant une réunion de la Commission de signalisation maritime, le Gouvernement espagnol requit la coopération du Portugal pour l'installation d'un phare sur la route des îles Canaries. Le gouvernement portugais a reconnu l'importance de ce projet mais n'a pas souhaité y contribuer, en raison de son implication déjà coûteuse dans la construction de phares le long de la côte portugaise continentale. Le 23 juillet 1881, au cours de cette rencontre, le ministre espagnol des Affaires étrangères déclara que la souveraineté n'était pas clairement attribuée au Portugal ni à l'Espagne
1911 – En Septembre, le gouvernement portugais reçut une communication officielle du gouvernement espagnol déclarant que l'Espagne construirait un phare sur ces îles, et qu'elles seraient incluses dans l'archipel espagnol des îles Canaries. L'administration portugaise protesta mais aucune action ne fut entreprise qui pût mettre en péril une résolution amicale de cette dispute.
1913 – Le commandant et hydrographe Schultz Xavier recommanda Pico da Atalaia comme lieu d'implantation d'un phare.
1929 – Le contre-amiral Gago Coutinho indiqua, dans un document, que ces îles appartenaient à la juridiction de Madère.
1932 – Le gouvernement portugais plaça ces îles sous un régime spécial de chasse en faveur de son propriétaire.
1938 – La Commission permanente sur les affaires maritimes internationales accorda la souveraineté sur ces îles au Portugal, en l'absence de représentants espagnols. Le 15 février 1938, une mission d'étude hydrographique, envoyée sur les îles, établit plusieurs points de mesure géodésiques.
1972 – Deux bateaux espagnols, le San Pedro de Abona et l'Áries, furent arraisonnés pour pêche illégale.
1975 – Des marins originaires des îles Canaries débarquèrent sur les îles et y brandirent un drapeau espagnol, mais leur administration ne leur apporta pas son soutien.
1976 – Le navire espagnol Ecce Homo Divino fut arraisonné pour pêche illégale.
8 avril 1996 – le 8 avril, des avions de chasse F-18 espagnols survolèrent l'île.
2 aout 1996 – Un hélicoptèrePuma SA-330J des forces aériennes espagnoles simula un débarquement sur l'île.
16 octobre 1996 – Des avions de chasse F-18 survolèrent l'île. La Radio Télévision du Portugal filma l'évènement et le ministère portugais des Affaires Étrangères protesta.
Mai 1997 – Les ministères portugais et espagnol de la Défense signèrent un accord encadrant les survols des îles Selvagens.
1er aout 1997 – Nouveaux survols des îles . Le Gouvernement portugais rappella au Gouvernement espagnol la teneur des accords précédemment signés.
24 septembre 1997 – Après de nouveaux survols aériens espagnols, l'Ambassadeur d'Espagne à Lisbonne présenta les excuses de son Gouvernement. Le Portugal dépêcha un navire équipé de batteries anti-aériennes.
La navire de balisage portugais NRP Schultz Xavier à l'ancre près de l'ile Pequena, en aout 2004.
8 juillet 2005 – Un des gardiens de l'île Grande et un biologiste furent menacés par un groupe de pêcheurs espagnols. Suite à cet incident, dix marins portugais furent affectés à la surveillance de l'île pendant un mois.
1970 – Le navire italien Fluvia coula aux abords de ces îles le 21 juillet.
1971 – Le pétrolier norvégien Cerno dévia de sa route et s'échoua près de l'île Selvagem Pequena. Trois mois plus tard, l'huilierMorning Breeze coula près de l'île Grande.