L'administration de l'INRP est confiée à un conseil d'administration de 32 membres, comprenant des représentants de l'État, du Conseil économique, social et environnemental, des parents d'élèves, du Conseil national de la vie lycéenne, du personnel de l'Institut et des personnalités qualifiées. Un conseil scientifique de 23 membres, aux attributions consultatives, se prononce sur le cadre des recherches de l'Institut.
L'INRP est actuellement engagé dans :
Les équipes propres à l'INRP sont :
Une originalité traditionnelle des équipes de l'INRP est d'associer plusieurs centaines d'enseignants du second degré en activité, et maintenant des universités et des IUFM, aux projets de recherche en cours.