Le jardin est sillonnés d'avenues et d'allées qui portent les noms des grands naturalistes qui ont étudié ou contribué à former la flore des Mascareignes. La porte principale en fer forgé placée à l'entrée du jardin en 1868 s'ouvre sur l'avenue de la Bourdonnais qui mène au bassin des nénuphars et intersecte les avenues Poivre, Céré, Commerson et Cossigny. Le jardin possède également une allée Paul et Virginie et une allée Bernardin de Saint-Pierre en hommage à l'auteur de Voyage à l'Île de France, dont une citation orne l'obélisque de Liénard dans l'avenue La Bourdonnais :
Le don d'une plante utile me paraît plus précieux que la découverte d'une mine d'or et un monument plus durable qu'une pyramide
Le naturaliste anglais Charles Darwin et son ami Thomas Henry Huxley ont également donné leur nom à une avenue.