Jean-François Clervoy est marié et a deux enfants, un garçon et une fille.
Jean-François Clervoy est passionné par les sports de raquette, les jeux d'adresse, le canyoning, et tous les sports aériens.
Jean-François Clervoy est membre de l' Association des explorateurs de l'espace, membre émérite de l'Association aéronautique et astronautique de France (AAAF), membre correspondant de l'Académie de l'air et de l'espace (ANAE) et de l'Académie internationale d'astronautique (IAA).
Un collège porte son nom à Franconville (Val-d'Oise) où il a effectué une partie de sa scolarité.
En novembre 2009, Jean-François Clervoy publie un ouvrage à l'intention du grand public relatant son expérience de vol dans l'espace et intitulé "Histoire(s) d'espace ", aux éditions Jacob-Duvernet (ISBN 2847242511).