John C. Mather (né le 7 août 1946) est un astrophysicien et un cosmologiste américain en poste, en 2010, au Goddard Space Flight Center de la NASA. Il a obtenu le prix Nobel de physique de 2006 conjointement avec George Fitzgerald Smoot « pour leur découverte de la nature du corps noir et de l'anisotropie du fond diffus cosmologique ».
Mather a obtenu son doctorat en 1974 à l'université de Californie à Berkeley. Il intègre la même année le Goddard Space Flight Center en tant que chercheur post-doctoral, puis en tant que chercheur titulaire. Il fait partie du groupe de personnes qui vont proposer à la NASA le projet de satellite COBE, qui sera accepté et finalement lancé fin 1989.
Mather était responsable de l'instrument FIRAS embarqué à bord du COBE. Cet instrument avait pour mission de mesurer avec précision le spectre du fond diffus cosmologique, ce qui a valu à Mather de se voir décerner (conjointement avec George Fitzgerald Smoot) le prix Nobel de physique en 2006.
Mather est membre de la National Academy of Sciences depuis 1997 et de la American Academy of Arts and Sciences depuis 1998. En 2010, il est l'un des responsables du projet de télescope spatial James Webb. Il est auteur d'un ouvrage, The Very First Light, relatant l'aventure de la mise en œuvre du satellite COBE et ses implications pour la cosmologie.