La macaque berbère est cantonné aux régions montagneuses d'Afrique du nord (de 800 à 2200 m) à végétation forestière. Le domaine vital moyen pour un groupe est de l'ordre de 1 à 1,5 km², mais cette valeur est sujette à forte variation en fonction de la qualité de l'habitat, de son fractionnement et de la densité de population. Des domaines vitaux allant jusqu'à 9 km² ont été décrits dans certains environnements peu favorables. Son aire de répartition est aujourd'hui très fractionnées et son habitat souvent dégradé notamment en raison de la concurrence avec l'agriculture et l'élevage. Les auteurs latins (e.g. Pline l'Ancien) ou grecs (e.g. Aristote) mentionnent le magot (sous le nom de quadrumane) dans des zones où il est aujourd'hui inconnu et il est probable que cette espèce n'était pas originellement seulement inféodée aux zones montagneuses, mais qu'il s'agit là d'une conséquence de l'action de l'homme et de la compétition avec l'activité agricole.
Une étude scientifique réalisée en 1977 au Maroc et en Algérie a visé à déterminer la distribution effective de l'espèce. En Algérie, des sujets avaient été trouvés seulement dans 7 localités très limitées et disjointes des montagnes de Grande et Petite Kabylie. Ces sites étaient déjà à l'époque très réduits spatialement et localisés dans des zones reculées ou inaccessibles qui n'abritaient que de petites populations. Leur habitat comprenait des forêts mixtes de cèdre de l'Atlas Cedrus atlantica et de chêne vert Quercus ilex, des forêts humides de chêne du Portugal Quercus faginea et de chêne-liège Quercus suber et de gorges dominées par la garrigue.
L'habitat marocain se composait de hautes forêts persistantes de cèdre de l'Atlas, de forêts mixtes cèdre/chêne vert et de pures forêts de chêne vert. La distribution dans le Haut Atlas était limitée à la vallée d'Ourika où une petite population relique survivait encore. L'étude mentionne aussi de 5 à 8 petites poches de forêts disjointes dans le Rif, où s'accrochaient de minuscules groupes de macaques.
La qualité de l'habitat, sa fragmentation et l'intensité de l'activité humaine déterminent les caractéristiques démographiques, sociales et le budget temps des individus du groupe. Plusieurs études montrent que dans les forêts dégradées les groupes sont moins nombreux et de plus petite taille, ce qui conduit à une plus faible densité de population. Paradoxalement, dans les forêts dégradées, les animaux allouent moins de temps à la recherche alimentaire (ressources plus concentrées, groupes plus petits) et à la vigilance (individus plus habitués à la présence humaine). Ils passent plus de temps à se reposer et sont plus fréquemment impliqués dans les activités de toilettage. À partir d'un seuil critique de taille de groupe, la population décline. Néanmoins, une étude réalisée dans l'habitat marginal du Rif a montré que les caractéristiques démographiques des groupes qui s'y maintenait sont comparables à celles des groupes vivant dans l'environnement plus favorable du Moyen Atlas à l'exception du domaine vital (5 fois plus grand) et de la taille des groupes (plus petits).
Le magot se nourrit de glands, d'écorces, de cônes, d'aiguilles de cèdre, de champignons, de bulbes et de proies animales incluants surtout des insectes, d'autres invertébrés (scorpions) et des amphibiens. Le régime alimentaire évolue tout au long de l'année en fonction de la disponibilité alimentaire. Aux abords des zones agricoles, il peut également consommer des fruits, des légumes, des céréales ainsi que d'autres plantes ne figurant pas normalement dans son régime alimentaire, ce qui témoigne de sa grande faculté d'adaptation dans ce domaine.
Le comportement alimentaire du macaque berbère est astreint aux fortes variations saisonnières et d'une population à l'autre, aux variations d'habitat. Une étude a été réalisée sur le courant d'une année sur deux groupes distincts, l'un vivant en forêt persistante mixte cèdraie-chênaie (site de Djurdjura) et l'autre en forêt caduque de chêne (site d'Akfadou). De fortes variations sur le courant de l'année dans le temps de déplacement et de recherche alimentaire, ainsi que la taille des zones prospectées en une journée et le mode de déplacement (au sol ou dans les arbres) ont été constatées dans les deux habitats, ayant une influence sur la dépense énergétique et donc l'effort de prospection. Au début du printemps, où la disponibilité alimentaire est maximale, les individus maximisent leur temps de recherche alimentaire (environ 5 h/jour). En Juin, après le pic des naissances durant la période d'élevage des nouveau-nés, les macaques berbères minimisent leur temps de recherche alimentaire (de 1,6 à 2,7 h/jour) au profit des interactions sociales, quelle que soit la disponibilité alimentaire, qui était basse Akfadou et élevée à Djurdjura. De plus l'effort de prospection étant devenait beaucoup plus élevé à cette période à Akfadou alors qu'il demeurait faible à Djurdjura, ce qui induisait qu'au début de l'été, les magots d'Akfadou étaient en moins bonne condition que ceux de Djurdjura. Au deux sites, en période de disette, au cœur de l'été et en hiver, les macaques développent deux stratégies différentes. En été, ils accroissent leur effort de prospection tandis qu'en hiver ils le maintiennent relativement bas. Sur les deux sites, les mâles adultes passent plus de temps à se nourrir que les juvéniles et moins de temps dans les interactions sociales.
L'examen des données disponibles sur la distribution et l'abondance du macaque berbère plaide pour une influence plus grande de la taille de l'habitat plutôt que de son type sur la capacité des groupes à puiser la nourriture nécessaire à leur subsistance. Cette espèce s'avère extrêmement éclectique et adaptable dans son alimentation et le facteur anthropique explique davantage la répartition actuelle de l'espèce plutôt qu'une réelle préférence alimentaire ou d'habitat.