Toutes les élèves des Maisons d'éducation de la Légion d'honneur sont pensionnaires, et l'internat est également ouvert les week-ends. Chaque élève du secondaire doit avoir un « correspondant » habitant en région parisienne, qui sera chargé de venir la chercher quand elle sort de la maison, notamment en fin de semaine.
Les élèves des classes post-bac ont le choix entre deux régimes : soit l'internat avec un réglement assoupli où les sorties sont libres, soit l'« internat externé », où l'élève prend ses repas de midi et du soir dans l'établissement mais réside au-dehors.
Les maisons sont des établissements publics, laïques et pour jeunes filles (il existe une aumônerie catholique et protestante pour les élèves pratiquantes). Les places sont réservées, par ordre de priorité :
L'âge minimum pour entrer dans une maison est fixé à 10 ans. Les candidates ne doivent pas dépasser, dans l'année où elles sont admises, l'âge de :
Le prix de la pension pour l'année 2007-2008 était de 1740 € par an pour le secondaire et de 1902 € par an pour les classes post-baccalauréat. La pension se paye par tiers au début de chaque trimestre, tout trimestre entamé étant dû en entier.
Les bourses d'étude de l'Éducation nationale ne sont pas acceptées par les maisons d'éducation. Cependant, les familles aux revenus modestes peuvent bénéficier d'une réduction des frais de pension, cette réduction étant accordée au cas par cas selon leur situation.
Les demandes d'inscription doivent être envoyées avant le 15 mars de l'année de la rentrée pour les classes post-baccalauréat, et avant le 15 avril pour le cycle secondaire ; les maisons d'éducation indiquent vers la mi-mai si les candidatures sont retenues.
Article R 122 du code de la Légion d'honneur : « L'éducation donnée dans les maisons d'éducation a pour but d'inspirer aux élèves l'amour de la patrie et de la liberté ainsi que le sens de leurs devoirs civiques et familiaux et de les préparer, par leur instruction et la formation de leur caractère, à s'assurer une existence digne et indépendante. »
L'enseignement dispensé dans les maisons suit les programmes de l'Éducation nationale. Les professeurs sont détachés du ministère de l'Éducation nationale auprès du grand chancelier.
Pour chaque niveau au collège, il existe une classe de maîtrise dans laquelle les élèves (une soixantaine au total) reçoivent un enseignement approfondi de chant choral, de musique et d'histoire de la musique, et font l'apprentissage de divers instruments. Les maisons abritent des studios où les élèves peuvent jouer de leurs instruments en dehors des heures d'enseignement. Les élèves maîtrisiennes s'expriment en concerts et chantent lors de cérémonies officielles. Elles donnent chaque année le « concert présidentiel » ou « concert du président » dans l'une des deux maisons, auquel assiste le président de la République ou son représentant.
L'enseignement des langues étrangères est important : dès la classe de 6e, les élèves peuvent étudier deux langues vivantes (anglais et allemand), et des cours de chinois existent dès la 5e. L'apprentissage des langues passe également par des échanges avec des établissements étrangers ; Saint-Denis organise notamment des séjours de quatre semaines en immersion totale.
Les différentes sections proposées au lycée sont :
Le lycée de Saint-Denis propose également une préparation au test d'anglais TOEFL et (jusqu'en 2007-2008) au concours d'entrée à l'IEP de Paris.
En juin 2008, 100 % des élèves de terminale de Saint-Denis ont été reçues au baccalauréat et 100 % des élèves de BTS commerce international ont été reçues