Une opposition aux actions et manifestations anti-CPE, et surtout aux blocages des universités — qualifiés alors de « prise d'otages » —, apparaît.
Les assemblés générales sont considérées comme « non-légitimes » et/ou « non-représentatives » par des étudiants opposés aux blocages et par certaines directions d’universités qui estiment que les manifestants « décident en nombre insuffisant » et organisent des votes à main levée sans vérification des cartes d'étudiant. Cela abouti parfois à l’organisation de votes à bulletin secret par les universités et les coordinations (y compris dans des universités non bloquées), les résultats de ces scrutins étant très variés. Dans certains centres universitaires, l'organisation de tels scrutins y est empêché par les « grévistes » (comme à Clignancourt-Paris IV, Tolbiac-Paris I ou René Cassin-Paris I), tandis que la majorité des universités organisent les votes de façon transparente, comme à celle de Poitiers. Les assemblés générales appellent parfois au boycott de ces scrutins organisés par l’administration.
Certaines directions d’universités auraient exercé des pressions diverses contre les étudiants mobilisés. Sur certains campus, l’absence aux TD (travaux dirigés) doit être justifiée par les étudiants : la justification de « grève » est parfois refusée par les administrations, notamment dans les IUT.
Le mouvement anti-blocage se développe en réaction à la mobilisation étudiante pour défendre la « liberté d'étudier » face aux étudiants qui organisent des blocages et donc qui empêchent l'accès des universités ou des lycées. Les opposants au blocage des bâtiments d'enseignement s'appuient en grande partie sur des argument légaux, principalement l'article 811-1 du code de l'éducation qui dispose : « Ils [les étudiants] disposent de la liberté d’information et d’expression à l’égard des problèmes politiques, économiques, sociaux et culturels. Ils exercent cette liberté à titre individuel et collectif, dans des conditions qui ne portent pas atteinte aux activités d’enseignement et de recherche et qui ne troublent pas l’ordre public ».
Selon les membres de ce contre mouvement, la question de l'opposition au CPE est secondaire, le dénominateur commun des opposants aux étudiants mobilisés est l'opposition à des blocages qu'ils qualifient d'« illégaux ».
Ils estiment par ailleurs que ce sont les plus faibles qui souffrent le plus de « perdre un an » en raison des blocages : les étudiants étrangers qui doivent partir à une date fixe ou les étudiants qui n'ont pas des parents capables de les soutenir. Il faut toutefois souligner que les opposants au blocage se sont divisés entre les pros-CPE (ainsi, la présence de l'UNI fut-elle critiquée) et les « apolitiques » (dont une part d'entre eux est malgré tout favorable au mouvement et une part favorable au retour des cours).
Plusieurs organisations participent au développement du contre mouvement tel que l'UNI ou Liberté chérie mais il y a eu aussi des collectifs aux noms variés tel que SOS facs bloquées, Halte au blocage ou Stop blocage. Le site du collectif national SOS facs bloquées recensait trente blogs de comités locaux. L'UNI a ressorti son collectif Stop la grève qu'elle réactive lors de chaque mouvement universitaire.
Le rapport à la mobilisation des opposants au mouvement était variable, alors que Liberté chérie est opposée au CPE et que l'UNI y est favorable, les collectifs de sensibilités politiques variées auraient pour la plupart refusés de se prononcer sur la mesure.
Le mouvement se traduit par l'organisation de petites manifestations, comme le 17 mars 2006 (250 personnes) et le 21 mars (entre 230 et 1 500 personnes) place du Panthéon à Paris, le 26 mars place de l'Hôtel de Ville à Paris (1 000 personnes selon la police, 3 000 selon les organisateurs) ou le 2 avril, de la place du Châtelet à la Bastille (6 000 personnes selon les organisateurs, 2 000 selon la police), ainsi que des sit-in, comme le 22 mars à Montpellier devant le rectorat.
Des actions symboliques sont également entreprises, comme le dépôt d'une gerbe « à la mémoire de la liberté d'étudier » par SOS facs bloquées le 1er avril devant les barricades de la Sorbonne, la diffusion d'un « faire part de décès du droit d'étudier » avec cortège funéraire par les étudiants de l’université de Caen, ou la diffusion des cours par des sites Internet, cours effectués par des professeurs dans des cafés.
Par ailleurs des étudiants ou des associations, s'appuyant sur le code de l'éducation, en particulier l'article 811-1, entreprennent des démarches judiciaires dans plusieurs villes du pays pour demander le déblocage des facultés.
Les universités les plus mobilisées voient de plus en plus leur image se dégrader aux yeux des futurs étudiants et des entreprises selon le journal Le Monde, qui écrit : "Au fil des mobilisations, l'image de l'université se dégrade bien pourtant." Selon le président de Rennes II : "J'ai besoin de 4 000 stages par an, dit-il, mais je crains que ce ne soit de plus en plus dur de vendre Rennes-II à des patrons qui voient notre université comme un repaire de gauchistes."