Plus difficile à identifier que l'opposition des syndicats et des partis, le rôle dans le mouvement anti-CPE des étudiants d’habitude non-organisés, qui pour beaucoup se mobilisent pour la première fois. On parlera parfois de « manifestations spontanées », même s'il s’agissait souvent de manifestations décidées à l’avance (en assemblées générales). L'imprécision de l'emploi des termes de « gauchistes » ou « casseurs », les approximations sur l'ampleur des événements montrent aussi l'embarras du gouvernement et des médias pour désigner et décrire une telle situation (choix du mouvement anti-CPE d'utiliser les blocages : lycées, universités, gares, routes, etc.).
Dès l'extension des manifestations après l'évacuation de la Sorbonne, le ministre de l'intérieur Nicolas Sarkozy a exprimé la crainte d'une « connexion » entre l'« extrême gauche » et les « jeunes des cités ».
Lors des émeutes de l'automne précédent, il avait été beaucoup question du rôle d'Internet dans la propagation et les tentatives de coordination du mouvement, des sites dénoncés par police et politiques, des Skyblogs désactivés et certains de leurs auteurs inquiétés. L'attention se porte cette fois vers les sites militants d'édition libre tels Bella ciao ou Indymedia Paris dont le rôle est reconnu par certains grands média :
Malgré le rôle des syndicats étudiants dans l'initiation du mouvement, le mouvement s'appuya peu sur ces organisations. Le mouvement était structuré par les assemblées générales sur les universités, assemblées générales qui étaient structurées au niveau national par la coordination nationale étudiante. Dans ce mouvement certaines organisations syndicales durent faire face à de l'hostilité de la part des éléments les plus radicaux, cette méfiance fut surtout concentrée sur la Cé, qui, si elle n'était pas totalement hostile au principe du blocage demandait que des votes à bulletin secret soient organisés pour les décisions de blocage dans un souci de démocratie et en raison du fait qu'il était très compliqué de se positionner contre les blocages lors des AG au risque de se faire chahuter ou insulter.. l'UNEF, qui fut un temps réservée sur les piquets de grève et qui fut accusée par une partie des militants de chercher à trahir le mouvement (notamment en refusant l'élargissement des revendications à autre chose que le CPE alors que les assemblées générales avaient pour la plupart des revendications plus larges). Ces deux organisations furent aussi critiquées en raison de leurs interventions médiatiques qui ne faisaient quasiment jamais référence à la coordination nationale. Au delà des organisations syndicales, le mouvement anti-CPE a aussi été un champ de rivalités entre différents courants politiques. Il semble aussi que des groupes dits autonomes (plus ou moins anarchistes et hostiles aux syndicats) se sont multipliés. À Paris, une assemblée autonome de 300 personnes a ainsi occupé pendant quatre jours l'École des hautes études en sciences sociales (EHESS).
Le mouvement anti-CPE semble avoir été mené par une majorité d'étudiants non engagés jusqu'alors. Il y avait bien des socialistes, des communistes, des trotskistes, des anarchistes, mais la grande majorité des étudiants engagés dans ce mouvement ne présentait aucune posture idéologique définie et arrêtée. L'UNEF a toutefois joué un rôle majeur dans l'organisation des réunions intersyndicales, et a même convaincu les syndicats de salariés à intégrer des membres de la coordination nationale à ces réunions. Il faut également souligner l'importance de l'unité entre les syndicats professionnels, les syndicats étudiants, et les assemblées générales sur le mot d'ordre de retrait du CPE, qui a permis de créer un véritable front commun et de mettre une pression maximale sur le gouvernement. Toutefois une partie des organisations et des assemblées générales demandaient le retrait de toute la Loi pour l'égalité des chances et non uniquement du CPE.
La non-violence et l'auto-organisation était la règle généralement constatée. Dès le blocage de l'université, une véritable organisation, gérée par les étudiants, prenait place (logistique, tour de garde, comité de réflexion...). Ce mouvement a surpris les autorités par son ampleur, car même des universités considérées comme manquant de vie et conservatrices se sont fortement mobilisées. La mobilisation étudiante en France a été suivie de mobilisations similaires : de nombreux mouvements étudiants, d'ampleur variée, se déclenchèrent dans divers pays du monde pour défendre l'enseignement public et lutter contre la précarité de la population étudiante.