Le Naviglio s’étend de l'Oglio entre Calcio et Cividate al Piano, à une hauteur de 130 mètres. 10 km plus en aval, à Fontanella, le cours de l’eau se divise en deux bras ; à droite le naviglio Civico se dirige Casaletto di Sopra, alors que le bras de gauche, appelé Naviglio della Melotta, traverse le dit Pianalto de Romanengo dans une gorge creusée à travers ce lambeau de plaine surélevée d’une dizaine de mètres
Près de la localité de Albera, hameau de la commune de Salvirola, les deux bras se réunissent.
Environ 7 km plus bas, en localité Tombe Morte, le Naviglio Civico rencontre un autre canal important, le Naviglio Pallavicino, qui le “croise” au moyen d’une navazza (système de pont-canal pour qu’un cours d’eau puisse passer au-dessus d’un autre). En ce point, arrive aussi le Canale Vacchelli qui distribue ses eaux, par un système de vannes, aux deux navigli.
Du lieu-dit Tombe Morte un collecteur (vaso scolmatore) déverse les eaux dans l'Oglio: actif depuis 1981, sa fonction est de dévier les eaux an cas de crues.
Ensuite, le Naviglio de Crémone courre parallèlement au Naviglio Pallavicino; passe sous la route SS498 et se dirige vers Casalmorano. En proximité du hameau de Mirabello, il croise la Ciria, un autre canal artificiel.
A Casalbuttano il enjambe encore le Naviglio Pallavicino au moyen d’une “navazza” sans échange d’eau.
De Casalbuttano le cours vire vers le sud, traverse le territoire de Castelverde puis entre dans la périphérie de Crémone.
le Naviglio de Crémone proprement dit se termine peu après le pont de la Via San Francesco d'Assisi; là le cours se divise en deux bras.
Le bras gauche porte l’antique nom de Cremonella, courre sur 300 m à ciel ouvert, parallèle à la Via San Francesco d'Assisi, pour entrer dans la galerie qui traverse la cité suivant le tracé de la via Antico Passeggio, Aselli, Robolotti, Antico Rodano, Milazzo, Bissolati, Cadore. Là le cours se divise en deux : la vieille Cremonella déverse ses eaux dans le Morbasco et le l’autre bras suit le tracé qui était celui des anciens murs méridionaux de la cité jusqu’à la “Porta Mosa ».
Le bras droit alimente trois cours d’eau, qui passent sous la Piazza Risorgimento qui, un temps à ciel ouvert, ont été couverts pour des besoin urbanistiques.
A la confluence entre la Fossa Civica et la Cremonella naît le Colo Morta qui, passe sous le Cavo Cerca, poursuit en direction sud-est dans un ancien lit du Pô. Après une dizaine de km, débouche dans le Pô sur la commune de Stagno Lombardo.
Le débit d’eau dérivé de l'Oglio est estimé à 25 m3/s, alors que celui du Canale Vacchelli est d’environ 35 m3/s, bien que variant en fonction des dérivations d’irrigation et des saisons