L'OMS est financée par des contributions des États membres et d'autres donneurs. Ces dernières années, l'OMS a multiplié les collaborations avec des organisations non étatiques: elle est actuellement en partenariat avec près de 80 groupes (ONG, industrie pharmaceutique et fondations caritatives telles que la Fondation Bill et Melinda Gates et la Fondation Rockefeller). Actuellement, les contributions à l'OMS provenant des gouvernements nationaux et régionaux, des fondations et ONG, d'autres organisations de l'ONU, et du secteur privé, excède celui des contributions évaluées (dues) provenant des 193 États membres.
Le docteur Michel Fernex (ancien médecin de l’OMS) dénonce l'accord entre l'OMS et l'Agence internationale de l'énergie atomique (AIEA), entré en vigueur le 28 mai 1959 par la résolution WHA12.40. Cet accord, selon lui, minimise les risques de la radioactivité pour la santé publique. Pour la catastrophe de Tchernobyl, l'OMS avance le chiffre de 56 morts directs, alors que d'autres évaluations, dont celle du gouvernement ukrainien, vont de 50 000 à 150 000 morts.
En particulier, les actes de la conférence de 1995 à Genève et le rapport de la conférence de Kiev 2001 sur les conséquences sanitaires de la catastrophe de Tchernobyl n'ont pas été publiés, ce qui est tout à fait inhabituel. Le Dr Hiroshi Nakajima, directeur général de l'OMS de 1988 à 1998, a notamment déclaré à la télévision suisse que ces documents avaient été censurés à cause de l'accord avec l'AIEA.
Plusieurs manifestations ont eu lieu devant le siège de l'OMS pour demander la révision de l'accord avec l'AIEA. Depuis le 26 avril 2007, une présence permanente à durée indéterminée devant les bâtiments de l'OMS à Genève a commencé.
L'OMS a également été critiquée pour sa gestion de la crise du virus H1N1, ayant été accusée d'avoir sciemment exagéré l'ampleur de la maladie d'entente avec les laboratoire pharmaceutiques producteurs du vaccin.