Le système actuel de gestion du RSSE fait l'objet de critiques.
Le partage de la gestion du RSSE entre deux opérateurs est le principal point de critique. En effet, cette situation est accusé de créer une concurrence entre la LMDE et les SMER. Si certains estiment qu'il s'agit d'une saine émulation, cela créé des tensions importantes entre les deux opérateurs. Ces rivalités ternissent l'image du régime de sécurité sociale étudiant.
Par ailleurs, la présence de deux opérateurs est une chose unique. Aucun autre système de sécurité sociale en France ne fonctionne ainsi. Aussi, cette dualité est accusée d'entraîner des coûts superflus. Un des points qui concentre les critiques est que les mutuelles étudiantes font de la publicité pour obtenir leurs affiliés. C'est une situation unique pour un régime de sécurité sociale qui est une obligation légale. Cependant, ces surcoûts ne signifient pas pour autant que la gestion est mauvaise. Une des SMER, la SMEBA, est d'ailleurs citée dans les caisses de sécurité sociale les mieux gérées.
L'image des mutuelles étudiantes a aussi été ternie par les affaires. La principale est celle qui a concerné la MNEF dans les années 1990. Les mutuelles étudiantes sont soumises au contrôle de l'Autorité de contrôle des assurances et des mutuelles (ACAM).
Bien qu'il soient à l'origine du RSSE, les syndicats étudiants critiquent fortement l'état actuel du système. Ainsi, l'UNEF a toujours été contre la création d'un second réseau de mutuelles (les SMER) et appellent encore à une unification du régime. La dualité d'opérateur est unanimement critiquée, mais les solutions à y apporter divergent. Certains proposent la remise du RSSE aux organismes gérant le régime général, d'autres demandent que l'ensemble du régime soit remis à une seule mutuelle, comme avant 1971. Ces positions n'ont pas empêché la majorité des syndicats de soutenir la création d'une nouvelle mutuelle en 2000 après la disparition de la MNEF.
Enfin, cette présence des syndicats est elle même l'objet de critique. En effet, ce sont des luttes de pouvoir entre syndicats étudiants qui avaient amené des associations étudiantes à demander la création d'une seconde mutuelle autre que à la MNEF. Ensuite, dans l'affaire de la MNEF, il a été reconnu que la mutuelle payait des emplois fictifs au profit des syndicats CFDT et FO. Cette affaire a pris un tour éminemment politique avec la démission de Dominique Strauss-Kahn du gouvernement de Lionel Jospin en 1999. On a donc procédé à un catalogage politique des mutuelles étudiantes. Globalement, la LMDE est considérée de sensibilité proche de la gauche. Concernant les SMER, leur indépendance les unes des autres ne permet pas un catalogage aussi clair. Certaines sont considérée de sensibilité proche de la droite. Les SMER ont été créée, et revendiquent toujours, un but d'être apolitiques.
Les liens entre les associations étudiantes et les mutuelles étudiantes sont aussi l'objet de critiques. Dans le cadre de leur campagne de communication, il est fréquent que des mutuelles parrainent des associations ou des corpos étudiantes. On constate alors parfois un retour de la part de ces associations. Par exemple, l'UNEF apporte régulièrement son soutien à la LMDE dans les files d'inscriptions des universités. Ces associations ne sont cependant pas guidées uniquement par une communauté d'intérêts, mais aussi par des partages de valeurs.
Par ailleurs, toutes les mutuelles sont gérées par des administrateurs élus. Ces élus doivent être au moins pour les deux tiers des étudiants. Dès lors, il est fréquent de retrouver parmi ces élus étudiants des personnes qui s'investissent par ailleurs dans des associations étudiantes ou des syndicats. Ainsi, les instances dirigeantes de la LMDE sont composées pour leur très grande majorité d'étudiants élus de l'UNEF. Les étudiants peuvent également s'investir dans des organisations non uniquement étudiante. Ce fut le cas d'un délégué d'une des SMER qui était également responsable d'une cellule locale d'un parti politique.