Les rotifères ont une multiplication asexuée, mais peuvent aussi se multiplier de manière sexuée, surtout dans de mauvaises conditions de vie.
Certains espèces se reproduisent uniquement par parthénogénèse thélytoque et ne comptent ainsi que des femelles. D'autres produisent deux sortes d'œufs, la première sorte donne des femelles et la seconde donne des mâles simplifiés incapable de se nourrir. Ces mâles produisent cependant des spermatozoïdes qui iront féconder les ovules femelles. Les zygotes ont la particularité de pouvoir survivre même si leur milieu de vie s'assèche. Lorsque les conditions redeviennent plus favorables, les zygotes sortent de leur léthargie et deviennent de nouvelles femelles qui se reproduisent par parthénogénèse.
La survie de nombreuses espèces de Rotifères en dépit de l'absence de mâle est une caractéristique assez insolite dans le monde animal. Il semble qu'une classe de Rotifères, les Bdelloïdés, se reproduisent par parthénogénèse depuis plus de 35 millions d'années, sans qu'aucune trace de l'existence de mâle n'ait été découverte. La plupart des animaux et des végétaux se reproduisent par voie sexuée au moins de temps en temps, cela afin d'éviter l'accumulation de mutations nuisibles dans leur génôme, assurant à leurs espèces une bien meilleure pérénnisation que celle des espèces asexuées. Ainsi, la raison pour laquelle les Bdelloïdés ont réussi à passer outre cette règle de la nature depuis aussi longtemps demeure inconnue.
Les Rotifères se décomposent en :
et désormais :
La position exacte des Rotifères parmi les Lophotrochozoaire n'est pas résolue, mais on les place fréquemment dans le groupe des Gnathifères et eux-mêmes parmi les Platyzoaires.
L'embranchement des Rotifères contient 3 classes, 8 ordres, 33 familles, 112 genres pour 1816 espèces. Le plus ancien fossile connu, appartenant à Keratella sp, a été découvert à la base de l'Éocène moyen d'Australie et remonte à −45 Ma.
Certaines espèces de rotifères comme Brachionus plicatilis sont utilisées en aquaculture et aquariophilie pour l'élevage des larves de poisson. Elles constituent souvent la première nourriture distribuée aux larves avant les artemias.
La culture des rotifères se fait dans des cuves munies d'une bonne aération (diffuseur d'air ou d'oxygène) et la nourriture est constituée d'algues (Nannochloris, Isochrisis...), de levure de boulanger ou d'autres produits spécifiques à la culture ou l'enrichissement des rotifères.