Les eaux environnantes sont riches en poisson et en langouste (Jasus paulensis). Le gouverneur des TAAF fixe chaque année par décret un quota très précis avec zones de pêche, techniques, types et quantités de prise pour les eaux territoriales et la zone économique exclusive. En 2005, deux armements réunionnais avaient le droit de pêcher, en alternance et avec un seul navire, dans les eaux des deux îles.
La végétation naturelle des îles est de type herbeux, plus ou moins dense. L'île d'Amsterdam est la seule île des TAAF où l'on trouve une espèce d'arbre, le Phylica arborea, plus présent sur le versant Est de l'île.
On trouve la faune habituelle des îles subantarctiques de l'Océan Indien. Une population importante d'otaries (Arctocephalus tropicalis) fréquente les côtes des deux îles et s'y reproduit. De nombreux oiseaux marins viennent également nicher à terre, dont en particulier sur Amsterdam, une espèce endémique d'albatros (Diomedea amsterdamensis).
Sur les deux îles, des introductions volontaires ou accidentelles d'espèces exogènes (souris, rats, lapins, chats, bovins) ont fortement perturbé la faune et la flore locales :
Sur l'île vit aujourd'hui un troupeau d'environ 600 vaches sauvages, descendant d'un élevage tenté au XIXe siècle et ayant pratiquement fait disparaître l'unique espèce d'arbre, le Phylica arborea. « D'autre part, le sol de la zone pâturée est fortement dégradé, laissant la roche affleurer par endroit ». Depuis 1987 (quand vivaient 2 000 animaux), une régulation du cheptel a été instaurée (par abattages réguliers), et les animaux ont été cantonnés sur un peu plus de 20% de l'île par une barrière de barbelés et inaccessibles aux bovins, maintenant un statu-quo. La zone réservée au bétail fait 12 km2 sur les 58 km2 de l'île. Grâce à cette barrière, les zones de Phylica arborea sont en augmentation, mais ne représentent toujours qu'un très faible pourcentage du peuplement originel.
« D'autres mammifères terrestres ont été introduits :
« Apporté sur l'île en 1977, le bec-rose (Estrilda astrild), passereau de l'île de La Réunion, est le seul oiseau introduit de l'île ». L'oiseau ne semble pas être invasif, et sa population reste raisonnable.
Une population de rats estimée entre 50 000 et 100 000 individus à la fin des années 90 y avait considérablement réduit la population d'oiseaux marins en s'attaquant à leurs nids. L'île a été entièrement dératisée en 1999. Depuis la population d'oiseaux maritimes se reconstitue progressivement.