Il existe le musée de l'Œuvre et l'aire archéologique. Accessible par le cloître majolique, les quatre salles du Musée de l'Œuvre exposent un condensé de l'histoire napolitaine depuis l'Antiquité à nos jours. Dans la Salle archéologique se trouvent les objets des fouilles et des restaurations. La Salle d'Histoire met en scène les grands moments qui ont scandé l'existence de Santa Chiara. Dans la Salle des Marbres se trouvent les statues récupérées après le bombardement ainsi les fresques des cellules des clarisses ornées des écus des familles nobles napolitaines. Tandis que la Salle des Reliquaires conservent vêtements et mobiliers liturgiques, avec comme pièce centrale le buste en bois de l'Ecco Homo sculpté par Giovanni de Nola.
L'aire archéologique est constituée par les vestiges des thermes romains d'une maison patricienne. Datant du 1er siècle de notre ère, ils sont la preuve que Neapolis n'avait rien à envier à Pompéi et à Herculanum.