Bien respecter les conditions techniques et physiques de l'élevage ne suffit pas à assurer une bonne récolte, il faut également respecter une bonne hygiène. Les moyens de lutte contre les maladies sont uniquement préventifs à savoir:
- Une désinfection générale des locaux et du matériel avant et après l'élevage.
- Un maintien des vers dans la plus grande propreté avec un changement fréquent et régulier des litières.
Les maladies qui peuvent atteindre les vers à soie sont: la muscardine, la pébrine, la flacherie et la grasserie.
La muscardine, désignée également sous le nom de maladie des blancs ou "dragées" est occasionnée par un champignon appelé autrefois Botrytis bassiana et actuellement Beauveria bassiana. Le mycélium se développe dans le sang et à l'intérieur du corps en envahissant tous les tissus. Au moment de la mort le corps prend une teinte vineuse, le cadavre se couvrant d'un feutrage blanc constitué des filaments fructifères avec les spores. Les conidies libérées se déposent sur la peau des autres vers et les contaminent à leur tour. Cette maladie avait été observée par Vallisneri dès 1725 et expliquée par Agostino Bassi en 1825. L'animal peut mourir aussi à l'état de chrysalide
Une désinfection bien effectuée permet de prévenir cette maladie. Cette désinfection peut être réalisée par une pulvérisation à base de sulfate de cuivre ou de formol. En cas de contamination il faut:
- enlever les vers malades ou morts et les brûler
- déliter les vers sains
- brûler les litières où se trouvaient les vers malades
Les vers atteints de pébrine restent petits et sont peu actifs. Le corps présente de nombreuses taches brunes entourées d'une auréole jaunâtre. Le ver paraît saupoudré de poivre d'où le nom de "pébrine", formé par Quatrefages. Cette maladie est contagieuse et héréditaire, c'est-à-dire que l'œuf contaminé donnera naissance à un ver également malade. Il est donc nécessaire d'avoir des graines non contaminées. Pour cela, selon le procédé d'Osimo repris par Pasteur, les corps des femelles qui ont terminé leur ponte sont broyés dans un peu d'eau et examinés au microscope. Si le papillon est contaminé, la ponte correspondante est éliminée. Cette méthode permet de lutter avec efficacité contre cette maladie car les spores de la pébrine ne conservent pas leur vitalité d'une année à l'autre.
La maladie des morts flats ou flacherie est due à des troubles intestinaux, la feuille contenue dans le tube digestif entrant en fermentation. Les vers malades et les cadavres dégagent une odeur aigre très désagréable. Les vers atteints deviennent languissants, refusent de manger et meurent rapidement. Cette maladie peut détruire en peu de temps toute une récolte. Il faut prendre rapidement les mesures suivantes:
- enlever les vers vers malades ou morts et les brûler
- déliter et espacer les vers survivants
- faire jeûner les vers pendant 24 heures et pousser ensuite l'élevage en chauffant et en distribuant de nombreux repas de feuilles fraiches, propres et non humides.
La grasserie se déclare généralement vers la fin du 5e âge, un peu avant la montée. La peau devient très fragile et se déchire spontanément, laissant échapper un sang laiteux. Cette maladie virale est très contagieuse et doit faire l'objet des mêmes traitements que la muscardine: enlèvement des corps morts et des litières qui sont brûlés, délitage des vers sains. La fréquence des repas peut être augmentée.