La tradition parle d'une alliance qui aurait été passée en 670 après J.-C. entre plusieurs chefs contre le royaume de Bolaang Mongondow. Cette date ne repose sur aucune preuve matérielle. Cette alliance serait à l'origine du nom de "Minahasa", qui signifie "unité". Le témoignage de cette alliance est la Watu Pinabetengan ou "pierre de Pinabetengan", qui se trouve dans le village du même nom, situé à 50 km de Manado.
Certains waruga ou sarcophages dateraient du IXe siècle.
La tradition parle d'un ancien royaume de Manado ou Manado Tua, dont le centre aurait été l'île de ce nom.
Les Portugais abordent la région peu de temps après leur prise de Malacca dans la péninsule Malaise en 1511.
En 1667, La VOC (Vereenigde Oostindische Compagnie ou "Compagnie hollandaise des Indes orientales") établit un poste dans différentes petites principautés du pays Minahasa et dans les îles Sangir et Talaud.