On peut maintenant se placer non plus à l'échelle d'un atome, mais à l'échelle d'une maille cristalline. L'onde ψ' diffractée par la maille est la somme des ondes diffusées par chacun de ses n atomes :
On définit le facteur de structure F comme étant :
on a donc
On a considéré ici que l'onde était diffusée par un atome ponctuel. En toute rigueur, dans le cas de la diffracion de rayons X, l'onde est diffusée par le nuage électronique, qui est une fonction continue de l'espace. Il faut donc définir en chaque point
dv étant l'élément de volume considéré autour de la position
On voit ainsi que le facteur de structure est la transformée de Fourier de la distribution électronique(pour les rayons X) dans la maille élémentaire.
Le cristal est composé de m mailles. La fonction ψ'l de l'onde diffractée par une maille l placée en
(ceci se montre de manière similaire à précédemment en considérant le déphasage entre la source et la maille, puis entre la maille et le point
L'onde ψ'' diffractée par l'ensemble du cristal est la somme des ondes diffractées par chaque maille, soit :
On définit le facteur de forme
on a donc
L'intensité diffractée I dans un point de l'espace
On a un effet d'atténuation en fonction de l'éloignement qui varie selon l'inverse du carré de la distance : il s'agit simplement de la « répartition » de l'énergie sur une sphère (dimunution de la densité angulaire). Si l'on corrige ce phénomène, alors l'intensité ne dépend que de la direction de l'espace, que l'on peut donner par le vecteur de l'onde diffractée
soit
D'autres facteurs interviennent, notamment la géométrie de l'appareil de mesure, l'optique. Par exemple, l'intensité peut varier selon l'inclinaison du détecteur par rapport à l'échantillon.
Nous avons exposé ci-dessus la théorie dite « cinétique » de la diffraction. Dans la théorie cinétique, on considère que l'onde diffusée par les nœuds ne diffracte pas elle-même. Cette hypothèse est valable lorsque l'intensité diffractée est faible devant l'intensité incidente, ce qui est le cas avec les rayons X et les neutrons.
Cette hypothèse n'est en général plus valable avec les électrons, sauf dans le cas de la diffraction par une lame mince (dans un microscope électronique en transmission). On a alors recours à la théorie dite « dynamique ».