La théorie du cerveau triunique représente trois cerveaux distincts apparus successivement au cours de l’évolution de l'espèce humaine : un cerveau reptilien, puis un cerveau paléomammalien (apparenté au cerveau limbique) et enfin un cerveau néomammalien (apparenté au néocortex).
Développée par Paul Mac Lean en 1970, cette vision de l'organisation neuroanatomique est un outil théorique permettant de modéliser l'architecture fonctionnelle du cerveau et l'organisation générale de ses principales aires en relative interdépendance.
Cette théorie repose sur le fait que l'évolution du cerveau humain s'est faite en plusieurs phases, qui correspondent à l'apparition sur Terre des différentes classes phylogénétiques d'animaux. Ainsi la structure anatomique la plus ancienne de notre cerveau, correspondant au cerveau reptilien, est-elle située le plus profondement, et la structure la plus récente et la plus jeune, correspondant au cerveau humain est située à la périphérie du cerveau, à l'extérieur.
Le cerveau reptilien serait donc notre premier cerveau. C'est celui qui régit le fonctionnement des oiseaux, des amphibiens, des poissons et des reptiles.
Au niveau purement anatomique, il correspond, chez l'être humain, au tronc cérébral. Bien protégé, en profondeur, il est la structure cérébrale la plus résistante à un traumatisme crânien. Certains le considèrent plutôt comme le haut de la colonne vertébrale.
Il est responsable des comportements primitifs assurant nos besoins fondamentaux. Il assure la survie de l'individu et de l'espèce.
Ce cerveau primitif de reptile entraine des comportements stéréotypés, pré-programmés. Une même situation, un même stimulus, entrainera toujours la même réponse. Cette réponse est immédiate, semblable à un réflexe. Les comportements induits par le cerveau reptilien ne peuvent évoluer avec l'expérience, ne peuvent s'adapter à une situation, car ce cerveau n'a qu'une mémoire à court terme.
Chez l'homme, ce cerveau serait principalement responsable de certains comportements primaires comme la haine, la peur, l'hostilité à l'égard de celui qui n'appartient pas au même groupe d'appartenance que soi, l'instinct de survie, la territorialité, le respect de la hiérarchie sociale, le besoin de vivre en groupe, la confiance dans un leader ... Parfois, lors de situations stressantes, cette partie de notre cerveau peut prendre le dessus sur notre néo-cortex, ce qui entraîne des comportements imprévisibles.