Depuis la scission de 1992 qui avait fait volé en éclat l' unité organique, la FEN avait pris sa part au regroupement du syndicalisme autonome et avait notamment co-fondé l'Union nationale des syndicats autonomes en 1993, dont les deux premiers secrétaires généraux successifs (Martine Le Gal et Alain Olive étaient d'ailleurs issus de ses rangs. En 1998, l'arrivée à l'UNSA de militants venant de Force ouvrière et en désaccord majeur avec la ligne purement contestataire de Marc Blondel avait été l'occasion de donner un élan nouveau à une union interprofessionnelle jusque là essentiellement présente dans la fonction publique et le secteur public (SNCF, RATP).
Pour marquer son intégration dans l'union interprofessionnelle, la FEN a changé son appellation en UNSA Éducation à son congrès de Pau de décembre 2000, ce qui en a fait à la fois le dernier congrès de la FEN et le premier de l'UNSA Éducation. Si cette décision a été collective, Jean-Paul Roux, secrétaire général de la fédération de 1997 à 2002 a personnellement assumé un changement d'appellation qu'une grande majorité de syndicats estimait logique voire nécessaire au prix de l'abandon douloureux pour tous d'une dénomination qui avait marqué si fortement le syndicalisme de l'après-guerre.
Si elle reste fidèle à la défense des valeurs protées par la FEN (indépendance, laïcité, solidarité, défense de libertés, volonté de transformer l'école), la fédération UNSA Éducation ne se situe plus dans le contexte historique de la FEN de 1948 qui avait opté pour l'autonomie afin de préserver son unité, refusant de choisir entre CGT et Force ouvrière. Se voulant aujourd'hui fédération de branche de l'UNSA, l'UNSA Éducation inscrit son action dans la prise en compte d'une société éducative tout au long de la vie.
La fédération UNSA éducation est actuellement la deuxième fédération syndicale des personnels de l'Éducation nationale, la première fédération de l'ensemble personnels de l'enseignement supérieur, la première fédération des personnels du ministère de la Jeunesse et des Sports, la première fédération des personnels ingénieurs, administratifs et techniques (corps communs aux ministères de l'Éducation nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, de la Jeunesse et des Sports).
La FEN avait acquis au fil du temps, surtout après mai 1968, un triple rôle :
La constitution de l'UNSA s'est traduite par une reformatage des champs d'intervention. L'UNSA a pris en charge progressivement, surtout depuis 1998, ce qui concernait le champ interprofessionnel.
L'UNSA Fonction publique, qui initialement regroupait la FEN et la FGAF, s'est progressivement restructurée avec des adhésions directes de fédérations ou syndicats par ministères (comme cela existe d'ailleurs dans les confédérations ouvrières). L'UNSA Fonction publique regroupe des organisations de fonctionnaires de l'État, territoriaux ou hospitaliers affiliés : l'UNSA Éducation en reste nettement la principale composante, mais elle n'est plus l'unique interlocuteur.
La fédération regroupe 23 syndicats nationaux. Ils sont ici présentés par grands secteurs professionnels ou ministériels, dans l'ordre alphabétique des sigles. (Pour les structures régionales ou locales, voir les sites des syndicats.)
En accord avec la fédération, le Syndicat de la Protection judiciaire de la jeunesse (SPJJ) a rejoint l'UNSA Justice, fédération UNSA du ministère de la Justice. De même, à la rentrée 2006-2007, le Syndicat national des enseignants-artistes (SNEA : personnels enseignants des conservatoires) s'est affilié à la fédération UNSA-Territoriaux. En mai 2007, le SNECER (éducation à la conduite routière) s'est désaffilié de la fédération (rapprochement avec la fédération des transports).