L'UNSA Éducation est une fédération de syndicats nationaux organisée en sections régionales et départementales :
L'instance suprême de la fédération est le congrès national triennal qui se prononce notamment sur le rapport d'activité et l'orientation (résolution générale).
Entre deux congrès, la fédération est administrée par :
Le Conseil fédéral national élit en son sein le secrétariat national (secrétaire général et liste du secrétariat qu'il propose). Les candidatures des secrétaires nationaux doivent être agréées par leur syndicat national d'origine.
L'Exécutif fédéral national est une instance exécutive réunie entre les bureaux fédéraux nationaux. Il comprend le secrétariat national et des représentants des syndicats nationaux. L'équipe nationale est complétée par des conseillers nationaux dont la liste est proposée par le secrétariat à l'Exécutif sous réserve de validation par le Bureau fédéral national.
Le secrétariat national constitué après le congrès de Bordeaux (2008) est composé de :
L'UNSA Éducation se définit comme une organisation à la fois réformiste et revendicative, apte à négocier des accords contractuels dans la continuité de l'orientation de l'ancienne FEN, mais capable aussi de s'opposer frontalement aux pouvoirs publics si nécessaire (implication dans les grèves du printemps 2003 contre la décentralisation et la réforme des retraites).
C'est une référence permanente, un principe d'orientation. L'UNSA Éducation est, avec le Syndicat des enseignants, la FCPE, les Délégués départementaux de l'éducation nationale et la Ligue française de l'enseignement et de l'éducation permanente, l'une des cinq organisations constitutives du Comité national d'action laïque (CNAL).
L'UNSA Éducation a adopté un projet : « Pour une société éducative » (éditions ESF, 2001) qui a été voté au congrès de Pau de décembre 2000. « L’ambition du projet Pour une société éducative est de faire de l’éducation tout au long de la vie un droit qui confère à chaque jeune, à chaque adulte la possibilité de se construire ou de se reconstruire dans un projet personnel de formation et de maîtriser ainsi son avenir et le monde dans lequel il vit. L’éducation vise donc bien la socialisation et le développement de l’autonomie de chacune et de chacun. »
L'UNSA Éducation est attachée à la conception républicaine de la fonction publique de carrière (et non d'emploi) dont découlent les principes fondateurs du statut général de la fonction publique. Attachée à la politique contractuelle, elle entend pour autant pratiquer un réformisme revendicatif. C'est ainsi qu'au printemps 2003, elle a appelé ses syndicats, ses sections territoriales et leurs militants à se mobiliser fortement contre une décentralisation des ATOSS dont elle contestait la logique et le bien-fondé ainsi que contre la réforme des retraites.
Sur le champ de la fonction publique, l'UNSA Éducation agit dans le cadre plus large de l'UNSA fonctionnaires.