Un habitat idéal pour un varan du Nil captif est difficile à construire, aménager, et entretenir du fait de la grande taille de l'animal, ainsi que sa nature semi-aquatique. Ils peuvent aussi être dangereux, étant armés de puissantes mâchoires de dents pointues, de griffes acérées, et d'une queue étonnamment forte et précise - en plus de leur tempérament défensif. Par contre cette espèce s'adapte bien à la captivité, est résistante au maladies et aux fluctuations de température, et peut vivre une quinzaine d'années. Un animal né en captivité est un meilleur choix, car il présente moins de risques d'être infecté de parasites internes, et s'adapte mieux au contact humain. Malheureusement, presque tous les varans du Nil que l'on trouve dans le commerce sont des animaux sauvages qui ont été capturés. Lorsqu'ils sont vendus comme étant nés en captivité, ils sont généralement éclos d'œufs récoltés en nature. Le seul moyen d'être sûr est de l'acheter directement à un éleveur.
Pour être heureux, un varan du Nil a besoin de beaucoup de place. Jeunes, ils sont d'excellent grimpeurs et un habitat plutôt vertical peut être utilisée pour économiser de la place. Mais, en grandissant, ils deviennent de plus en plus terrestres et il leur faut un espace plus à l'horizontale (tout en conservant quelques endroits pour grimper). Une fois adulte, un varan du Nil devrait être logé dans un enclos extérieur si le climat est convenable, ou alors dans une pièce dédiée à son usage.
Il est complètement faux de penser qu'un varan ne grandira pas s'il est gardé dans un habitat trop petit, comme il est parfois entendu. Les seules choses qui seront accomplies en le gardant dans une telle situation sont des problèmes musculaires et osseux. C'est aussi très cruel pour l'animal en question.
Étant semi-aquatique, le varan du Nil a non seulement besoin d'eau fraîche pour boire, mais devrait aussi pouvoir se baigner. Lors de la mue, la peau morte à besoin d'être mouillée pour bien se décoller. Un récipient assez grand pour qu'il puisse s'immerger complètement est donc nécessaire. Si possible, il est préférable de fournir un bassin d'une taille suffisante pour qu'il puisse nager. Ces varans ont l'habitude de déféquer dans l'eau, ce qui est en fait assez commode, du moment que l'eau est changée quotidiennement, et quand les déchets sont aperçus. Pour humidifier l'habitat, il est possible de placer l'eau près d'une source de chaleur.
Un récipient pratique, économique et de bonnes dimensions pour un juvénile est une caisse à litière de chat. Adulte, il faudra quelque chose d'aux moins la taille d'une baignoire.